寻因产品表面蛋白 Antibody 和 CRISPR 质控分析说明

作者: 刘雪岭，高瑞峰

时长: 4 分钟

字数: 883 字

更新: 2025-09-02

阅读: 0 次

表面蛋白 CRISPR

本流程适用于 DD 表面蛋白与 CRISPR 数据的质控与初步分析。

WARNING

目前 SeekSoulTools 暂不直接支持这两类文库的原生分析。需先将数据转为 10x 格式后，使用 Cell Ranger 完成分析。请参考 10x 官方教程获取更详细的说明与结果解读。

一、表面蛋白 Antibody

1. 与转录组、VDJ 文库联合分析

1. fastp 数据质控（可选）
2. 数据转化：
   • 先转化 5' 数据，形成 map.txt（SeekOne barcode 与 10x barcode 的对应关系）。
   • 再转化表面蛋白与 VDJ 数据，参考已转化成功的 5' 数据 map.txt 中的 barcode 对应关系。
   • 转化工具详见 Barcode-Converter.zip，压缩包中包含详细使用说明。
3. Cell Ranger multi 分析
   • 执行脚本：

cellranger  multi \
  --id= sample \
  --csv=multi-config-template-7.1-antigen.csv \
  --localcores 8 \
  --localmem 64

• 说明：
  • multi-config-template-7.1-antigen.csv：配置文件。
  • feature 文件：捕获的表面蛋白 feature 文件，由客户提供，格式如下：

2. 表面蛋白文库单独 count 分析

1. fastp 数据质控（可选）
2. 将表面蛋白数据直接转化为 10x 格式。
3. Cell Ranger count 分析
   • 执行脚本：

cellranger  count \
  --id= Sample \
  --libraries=library.csv \
  --transcriptome=/PROJ2/DATA/database/refdata-gex-GRCh38-2020-A \
  --feature-ref=change_Reference.csv \
  --localcores 8 \
  --localmem 64

• 说明：
  • library.csv：配置文件。
  • feature 文件：捕获的表面蛋白 feature 文件，由客户提供，格式与联合分析一致。

二、CRISPR

1. 与转录组文库联合分析

1. fastp 数据质控（可选）
2. 数据转化：
   • 先转化 5' 数据，形成 map.txt（SeekOne barcode 与 10x barcode 的对应关系）。
   • 再转化 CRISPR 数据，参考已转化成功的 5' 数据 map.txt 中的 barcode 对应关系。
   • 转化工具详见 Barcode-Converter.zip，压缩包中包含详细使用说明。
3. Cell Ranger 分析参数：

cellranger count \
  --id=G1_1 \
  --libraries=G1_1.library.csv \
  --transcriptome=feature.ref.final_change_final_rev_new_pattern.csv \
  --localcores=8 \
  --localmem=64

说明：

• G1_1.library.csv：配置文件，可同时包含转录组、VDJ、CRISPR 数据。
• feature-ref：捕获的 gene feature 序列，参考 10x 官网准备（格式如下）。
• pattern：捕获的 feature 识别序列，位于 feature 序列的上游。
• feature_type：客户提供的基因捕获序列的反向互补序列。

library.csv 文件示例:
fastqs,sample,library_type
data/5data/,G1_1_5,Gene Expression
data/crispr_data/,G1_1_crispr,CRISPR Guide Capture

2. 与转录组、VDJ 文库联合分析

1. fastp 数据质控（可选）
2. 数据转化：
   • 先转化 5' 数据，形成 map.txt（SeekOne barcode 与 10x barcode 的对应关系）。
   • 再转化 CRISPR 与 VDJ 数据，参考已转化成功的 5' 数据 map.txt 中的 barcode 对应关系。
   • 转化工具详见 Barcode-Converter.zip，压缩包中包含详细使用说明。
3. Cell Ranger multi 分析：

cellranger  multi \
  --id=G1_5 \
  --csv=multi-config.csv \
  --localcores 8

multi-config.csv 配置文件格式如下：
[gene-expression]
reference,/database/refdata-gex-GRCh38-2020-A
include-introns,true
[feature]
reference,crispr_Reference.csv
[vdj]
reference,database/refdata-cellranger-vdj-GRCh38-alts-ensembl-5.0.0
[libraries]
fastq_id,fastqs,lanes,feature_types,subsample_rate
G1_5_5,CRISPR/demo/data/,,Gene Expression,1,
G1_5_crispr,CRISPR/demo/data/,,CRISPR Guide Capture,1,
G1_5_BCR,CRISPR/demo/data/,,VDJ-B,1,

crispr_Reference.csv  CRISPR feature 配置文件格式如下：

TIP

转化与分析前，请核对 map.txt 映射关系与 feature 参考文件是否匹配；转化完成后可先抽样进行小规模验证再跑全量数据。