交互分析
时长: 7 分钟
字数: 1.7k 字
更新: 2025-09-15
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“交互分析”可在ssDNA图的基础上查看并分析SeekSpace空间单细胞转录组测序数据，查看基因表达情况，并进行细胞类型标记。此外，还支持ATAC多组学数据展示。
NOTE
交互分析模块支持多样化空间可视化和细胞标记，建议结合具体分析目标灵活选择展示方式。
选择数据进行绘图
选择样本
- 选择样本名称，可查看并分析不同样本SeekSpace空间单细胞转录组测序数据。
- 如有多个样本，也可同时展示多个样本的spatial图。
选择数据展示方式
- 可选择以ssDNA图形式进行空间数据展示。
- 也可选择以umap或tsne降维图形式进行数据展示。
查看基因表达情况
- 可查看nFeature_RNA、nCount_RNA、mito及各基因的表达情况。
TIP
查看基因表达情况下拉框与查看细胞标记结果下拉框互斥，切换时请注意。
图片展示信息
是否展示背景图
- 以DAPI图、H&E图为背景进行空间数据展示。
调整点的大小
- 可输入数值直接调整点大小，也可点击上下按钮快速调整。
交互式工具
- Zoom：手动放大区域
- Pan：移动图形位置
- Box Select：矩形套索工具
- Lasso Select：套索工具
- Draw line：画线
- Zoom in：快速放大区域
- Zoom out：快速缩小区域
- Autoscale：自动缩放
- Reset axes：恢复图形原状
- Fullscreen：全屏
- Download plot as a png：下载png格式图片
- Edit：划分样本
- Align：调整背景图位置、大小和角度
- Filter：调整背景图展示
常规细胞标记
选择细胞
- 使用“矩形套索工具”或“套索工具”选择细胞。
标记细胞
- 点击【标记细胞】，弹出“标记细胞”窗口，填写所标记细胞的meta.data列名和标记细胞命名，完成细胞标记。
查看标记结果
- 点击下拉框，选择标记细胞的meta.data列名，查看标记结果。
CAUTION
查看基因表达情况下拉框与查看细胞标记结果下拉框互斥。
再次选择细胞
- 再次使用“矩形框选工具”或“套索工具”选择细胞。
再次标记细胞
- 再次点击【标记细胞】，弹出“标记细胞”窗口，填写相同meta.data列名和不同标记细胞命名，完成细胞标记。
再次查看标记结果
- 再次点击下拉框，选择标记细胞的meta.data列名，查看标记结果。
WARNING
对于同一meta.data列名下的标记结果，新标记会覆盖原有标记。例如，一部分“Selected_Cells”被“New_Selected_Cells”覆盖。
联合基因表达标记细胞
- 联合基因表达选择细胞
- 在查看关注基因表达情况的同时，用“矩形框选工具”或“套索工具”选择基因高表达或低表达的细胞。
TIP
如需根据基因表达量设置阈值添加标签，详见“画图工具”模块【添加标签】功能。
联合基因表达标记细胞
- 同时标记Selected_Cells、New_Selected_Cells且关注基因高表达的细胞。
联合基因表达查看标记细胞结果
- 查看标记结果。
ATAC多组学peak绘图
- 数据展示
- 与SeekSpace空间单细胞转录组测序数据的使用说明一致，可查看ATAC多组学peak绘图。
- 画图面板
- 鼠标移至底部白色边缘可按住向上拖出画图面板，或双击快速展开/收起。
- Zoom：手动放大区域
- Pan：移动图形位置
- Zoom in：快速放大区域
- Zoom out：快速缩小区域
- Autoscale：自动缩放
- Reset axes：恢复图形原状
- Download plot as a png：下载png格式图片