参数模板

作者: 高瑞峰

时长: 8 分钟

字数: 2.2k 字

更新: 2025-09-11

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云平台 使用说明

默认参数模板

云平台配置默认模板，包含所有分析的相关参数和颜色配置，共六个板块（过滤、整合、聚类、差异分析、富集分析和配色方案）。该模板不可修改。

NOTE

默认参数模板为平台推荐配置，建议在复制模板基础上根据实际需求进行个性化调整。

复制参数模板

如需修改模板，可点击页面右上角复制按钮，设置模板名称，并按需设置参数。

过滤参数

scRNA

1. min.cells：设置每个基因至少在多少个细胞中表达，低于该阈值的基因会被过滤。
2. umi.range：设置每个细胞检测到的UMI范围阈值，UMI值不在此范围内的细胞会被过滤。
3. feature.range：设置每个细胞表达的基因数范围阈值，表达基因数不在此范围内的细胞会被过滤。
4. 按基因集表达比例过滤：
   • a. 基因集设置：点击🖌，可从“我的基因集”添加/增加基因集进行过滤，默认选择线粒体基因集。点击【+】新增基因集进行过滤。
   • b. 过滤方式：
     • MAD：根据细胞整体基因集表达比例计算阈值，过滤掉基因集占比高于此值的所有细胞。
     • range：根据设置的最大最小值，过滤掉线粒体基因占比不在此区间内的所有细胞。
5. 按样本细胞数目过滤：多样本分析时，不同样本检测到的细胞数量可能差异较大，可通过细胞抽样方法将各样本细胞数量维持在相同水平。

scRNA+scATAC

1. min.cells：设置每个基因至少在多少个细胞中表达，低于该阈值的基因会被过滤。
2. umi.range：设置每个细胞检测到的UMI范围阈值，UMI值不在此范围内的细胞会被过滤。
3. feature.range：设置每个细胞表达的基因数范围阈值，表达基因数不在此范围内的细胞会被过滤。
4. nCount_ATAC：每个细胞中检测到ATAC转座酶事件的总count数。
5. max_nucleosome_signal：每个细胞中核小体信号，过滤染色状态不好的细胞（如核小体过度降解、细胞坏死等）。

   过滤大于2的细胞

6. Min_TSS.enrichment：每个细胞中TSS富集分数，过滤染色质状态不好的细胞（如死细胞）。

   过滤掉TSS小于2的细胞

7. 按基因集表达比例过滤：
   • a. 基因集设置：点击🖌，可从“我的基因集”添加/增加基因集进行过滤，默认选择线粒体基因集。点击【+】新增基因集进行过滤。
   • b. 过滤方式：
     • MAD：根据细胞整体基因集表达比例计算阈值，过滤掉基因集占比高于此值的所有细胞。
     • range：根据设置的最大最小值，过滤掉线粒体基因占比不在此区间内的所有细胞。
8. 按样本细胞数目过滤：多样本分析时，不同样本检测到的细胞数量可能差异较大，可通过细胞抽样方法将各样本细胞数量维持在相同水平。

整合参数

scRNA

1. 高变基因方法：选择降维过程中查找高变基因的方法，常用vst方法。
2. 高变基因数量：设置高变基因/bins的数量。
3. 整合方法：多样本整合分析时，若样本间批次效应较小可用merge方法，批次效应较大可用Harmony（默认）/CCA/RPCA算法去除批次效应。

scRNA+scATAC

1. 高变基因方法：选择降维过程中查找高变基因的方法，常用vst方法。
2. 高变基因数量：设置高变基因/bins的数量。
3. ATAC高变选择：计算高变peaks时用于过滤低开放peaks的阈值，如min.cutoff=5表示至少在5个细胞中开放的peaks才纳入计算。
4. 整合方法选择：同scRNA，批次效应较大可用Harmony/CCA/RPCA。
5. ATAC整合方法选择：根据RNA整合方法自动填充，ATAC和RNA分开独立进行批次矫正和整合。

   多样本整合完成后，仍为一个ATAC assay和RNA assays（如用CCA/RPCA还会有integrated assay，存放RNA矫正后表达矩阵）。

聚类参数

scRNA

1. 分辨率：设定细胞聚类分群时的分辨率（resolution，默认0.5），可调整cluster数量，resolution越高cluster越多。
2. PCA维数：根据PCA轴突拐点所对应的PCA数量，设定聚类时使用降维数量（默认30），一般在10~30之间，细胞数越多数量越大。

scRNA+scATAC

1. ATAC聚类参数：基于ATAC开放性，以LSI降维聚类，只考虑ATAC异质性。
2. WNN维聚类参数：综合PCA和LSI降维聚类，综合考虑ATAC和RNA异质性。

   基于Seurat的Signac工具，LSI维数默认值dims = 2:50，维数太低可能丢失重要生物学变异，太高可能导致过度聚类。

差异分析参数

1. 软件：presto或findmarker。
2. 检验方法：选择寻找差异基因的分析方法，默认wilcox方法。
3. 基因最低表达比例：设置基因表达细胞的最小比例阈值（默认0.1），低于该阈值的基因不列入差异基因列表。
4. 基因最低差异倍数：设置上下调差异倍数的最小绝对值（average Log2 fold change，默认0.25）。
5. p_val_adj阈值：设定判定cluster间基因表达显著差异的筛选阈值，默认Padj < 0.05。
6. downSample：是否进行细胞抽样，默认是。
7. 每个聚类最大细胞数：设置每个细胞群中最大细胞数，针对细胞抽样情况。

富集分析参数

1. 富集方法：Over-Representation Analysis (ORA)或Gene Set Enrichment Analysis (GSEA)。
2. 数据库：选择富集分析数据库，点击🖌可从“我的数据库”添加/增加基因集。
3. pvalueCutoff：设置富集结果的pvalue阈值，高于该值的结果会被过滤。
4. qvalueCutoff：设置富集结果的qvalue阈值，高于该值的结果会被过滤。
5. minGSSize：设置基因集的最小基因数量，低于该值的结果会被过滤。
6. maxGSSize：设置基因集的最大基因数量，高于该值的结果会被过滤。

配色方案设置

1. 选择配色方案：在配色方案板块右上角选择所需配色方案，离散型颜色用于分类/分组图，渐变型颜色用于连续数值图，下方预览区展示示例。

   

2. 自定义配色方案：

   • a. 新建配色方案：点击“配色方案预览”右侧新建按钮，弹出编辑颜色窗口。点击配色方案名称行展示颜色设置，每次只能展开一种配色方案。点击【➤】新建颜色配色，填写方案名称（不能重复），编辑颜色，点击【重置】可清空离散型颜色。

     

     • 添加颜色：在颜色盘选择颜色，点击下方【+】添加到离散型配色。
     • 删除颜色：点击离散型颜色出现阴影，再点击下方【-】删除。
     • 修改颜色：确定颜色点后，点击颜色盘其他颜色即可修改，支持离散型和连续型。
     • 点击【添加】按钮新建配色方案。

     

   • b. 删除配色方案：自定义配色方案支持删除，点击方案列表中该方案的【删除】按钮即可。

3. 保存和删除模板：点击参数模板页面右上角【保存】按钮保存修改，点击【删除】按钮删除弃用模板。