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单细胞核转录组细胞类型及Marker基因总结 ​

作者: 魏晨丹
时长: 6 分钟
字数: 1.3k 字
更新: 2025-07-17
阅读: 0 次
SeekSpace Seekarc OligodT-polyA

单细胞核转录组文章中的marker ​

Single-nucleus RNA sequencing reveals heterogenous microenvironments and specific drug response between cervical squamous cell carcinoma and adenocarcinoma

Single-cell analysis of white adipose tissue reveals the tumor-promoting adipocyte subtypes

Single-nucleus transcriptome analysis reveals cell-type-specific molecular signatures across reward circuitry in the human brain

Single-nucleus RNA sequencing and deep tissue proteomics reveal distinct tumour microenvironment in stage-I and II cervical cancer

A single-cell atlas of glioblastoma evolution under therapy reveals cell-intrinsic and cell-extrinsic therapeutic targets

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实际提核项目中注释所用marker ​

人乳腺癌 ​

本研究对乳腺癌组织进行了单细胞核转录组测序，揭示了肿瘤及微环境多种细胞类型的marker表达特征。

细胞类型(Cell Type)Marker基因(Marker Genes)
Tumor cellEPCAM, KRT8, KRT18, MKI67, PCNA, CD44, ALDH1A1
T cellCD3D, CD3E, CD4, CD8A, CD247, THEMIS, SKAP1, CD96, ITK, PTPRC,BCL11B,TOX
B cellCD19, CD79A, MS4A1, BANK1
PlasmaIGHG1, MZB1, JCHAIN
NK cellNCR1, GNLY, NKG7
MyeloidCD68, CD163, CSF1R, MRC1, TPSAB1, MS4A2, CD1C,CD74,CIITA
SMCACTA2, RGS6, RYR2, MYH11, COL25A1
BasalKRT17, KRT14,COL17A1,TAGLN,TP63,LTBP2
MacrophageMSRA, F13A1, MARCO, ITGAX, SPP1, STAB1, MS4A6A
FibroblastDCN, COL1A1, COL1A2
EpithelialEPCAM, KRT19, KRT15, ANKRD36C, PROM1, ANKRD30A
EndothelialMMRN1, CCL21, PECAM1, VWF, NOSTRIN, BTNL9, SULF1
AdipocytePLIN1, ADIPOQ
MKI67+ progenitor cellMKI67,TOP2A,CENPF
Mesenchymal stem cellBMPR1B
MyofibroblastPTN
Ciliated cellFOXJ1

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人子宫 ​

本研究对子宫组织进行了单细胞核转录组测序，系统鉴定了上皮、免疫、基质等主要细胞类型及其marker基因。

细胞类型(Cell Type)Marker基因(Marker Genes)
MyeloidRGS1, LGMN, IFI30, SLC16A10, CD74, STAB1, HLA-DPA1, HLA-DPB1
LymphoidGNLY, NCAM1, ITK
SMCACTA2, MYH11, LEFTY2, ACTG2
Endothelial (EC1)VWF, PECAM1, FLT1, EGFL7, CDH5, CD34
Endothelial (EC2)FLT4, ANGPT2, PROX1, CCL21
PericytePDGFRB, NOTCH3
FibroblastDCN, ADAM12
SOX9_epithelialEPCAM, SOX9, MMP7
Glandular_epithelialEPCAM, SLC18A2, PAEP
Ciliated_epithelialEPCAM, FOXJ1, PIFO

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人前列腺 ​

本研究对前列腺组织进行了单细胞核转录组测序，揭示了上皮、免疫、基质等多种细胞类型的marker表达谱。

细胞类型(Cell Type)Marker基因(Marker Genes)
FibroblastCOL1A1,FBLN1
Endocardial cellPECAM1, VWF, ENG, CMA1
SMCACTA2
Epithelial cellEPCAM,AR,KRT18,KRT8,DPP4
T cellPTPRC,CD247,THEMIS,SKAP1,CD96,ITK
Proliferating cellMKI67,TOP2A
MacrophagePTPRC,CD14,LYZ,MRC1,IL1B,AIF1,MS4A6A

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人肝癌 ​

本研究对肝癌组织进行了单细胞核转录组测序，系统鉴定了肝实质及免疫等多种细胞类型及其marker基因。

细胞类型(Cell Type)Marker基因(Marker Genes)
HepatocyteALB, APOA2, APOC3, SERPINA1, CYP3A5, CYP2B6, SDS
CholangiocyteANXA4, PKHD1, TM4SF4
EndothelialAKAP12, DNASE1L3, FCN3, VWF, PECAM1
MyeloidHLA-DRA, CD74, HLA-DPB1, HLA-DRB1, C1QB
StellCTA2, TAGLN, MYL9, CALD1, TPM2

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人脑胶质瘤 ​

本研究对人脑胶质瘤组织进行了单细胞核转录组测序，系统鉴定了肿瘤及微环境多种细胞类型及其marker基因。

细胞类型(Cell Type)Marker基因(Marker Genes)
Astrocytes1GFAP,AQP4,SOX9
Endothelial cellsPECAM1 CLDN5 FLT1 VWF
MicrogliaPLXDC2,CTSB,MERTK,CSF1R
NeuronsKCND2 SYT1 NRG1
OligodendrocytesCLDN11,SOX10,MBP,MAG,MOG,MOBP,BCAS1
Epithelial cellEPCAM, KRT18, KRT19, CDH1
Basal epithelial cellTP63,CLDN,KRT17
FibroblastDCN, THY1, COL1A1, COL1A2
B cellCD38, CIITA, WDFY4, AFF3
Endothelial cellPECAM1, CLDN5, FLT1, VWF
NeuronKCND2, SYT1, NRG1
Astrocytes2GFAP, PMP2

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小鼠胰腺癌 ​

本研究对小鼠胰腺癌组织进行了单细胞核转录组测序，系统鉴定了肿瘤及微环境多种细胞类型的marker基因。

细胞类型(Cell Type)Marker基因(Marker Genes)
Tumor_cellsClu, Krt18, Krt19, Krt8, Onecut2
FibroblastsCol3a1, Col1a1, Vcan, Sparc, Fstl1, Col1a2
Proliferating_cellsMki67, Top2a
MacrophageCsf1r, Adgre1
Endothelial_cellsCdh5, Pecam1

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小鼠胚胎 ​

本研究对小鼠胚胎组织进行了单细胞核转录组测序，揭示了胚胎发育各阶段细胞类型的marker表达特征。

细胞类型(Cell Type)Marker基因(Marker Genes)
Connective_tissue_progenitorsCol6a6,Carmn
Muscle_stem_cellsPax7,Fgfr4
Excitatory_neuronsNtng1
Jaw_and_tooth_progenitorsCol9a1
Endothelial cellEmcn,Pecam1
Epithelial cellTrp63
Chondrocytes_and_osteoblastsTwist2
MyocytesMyh3,Ctnna3,Mylk4,
Red_blood_cellsHbb-bs
OsteoblastsRunx2,Ibsp
Immune_cellsPtprc,Ms4a4a,Ikzf1,Csf1r
Schwann_cell_precursorsMpz

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小鼠脑 ​

本研究对小鼠脑组织进行了单细胞核转录组测序，系统分析了神经元及胶质细胞等主要细胞类型的marker基因。

细胞类型Marker基因
AstrocytesGfap, Aldh1l1, Sox9, Aqp4, Atp13a4, Cbs
MicrogliaPtprc, Cx3cr1, Adrb2, Ccl3, Csf1r, P2ry12, Sall1, Adora3, Cd68
NeuronsMeg3, Slc17a7, Stmn2, Syt1, Syn1, Cdo1, Cntn4, Cob
OligodendrocyteSox10, Mbp, Mag, Mog, Mobp, Olig2, Cnp, Fa2h
Oligodendrocyte_precursor_cellBcas1, Vcan, Pdgfra, Mmp15, Neu4, Fyn, Nnat
Smooth_muscle_CellsRgs5, Acta2, Myh11, Dnah12, Ttr

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