运行

作者: SeekGene

时长: 3 分钟

字数: 728 字

更新: 2026-02-26

阅读: 0 次

SeekArc Tools

运行示例

示例 1：基本用法

为分析设置必要的配置文件，包括样本数据的路径、参考基因组路径等。使用以下命令运行 SeekArc Tools v1.1.0：

seekarctools arc run \
    --rnafq1 /path/to/demo/demo_GE_S1_L001_R1_001.fastq.gz \
    --rnafq2 /path/to/demo/demo_GE_S1_L001_R2_001.fastq.gz \
    --atacfq1 /path/to/demo/demo_arc_S2_L002_R1_001.fastq.gz \
    --atacfq2 /path/to/demo/demo_arc_S2_L002_R2_001.fastq.gz \
    --samplename demo \
    --outdir /path/to/outdir \
    --refpath /path/to/reference/GRCh38 \
    --chemistry DD_AG \
    --include-introns \
    --core 16

示例 2：设置阈值重新进行 call peaks 或 call cell

若觉得默认参数下判定出的 peaks 或 cells 不符合需求，可调整参数跳过比对等之前的步骤，重新运行以节省时间

seekarctools arc retry \
    --samplename demo \
    --outdir /path/to/outdir \
    --refpath /path/to/reference/GRCh38 \
    --core 16 \
    --qvalue 0.01 \
    --snapshift 0 \
    --extsize 200 \
    --min_len 200 \
    --min_atac_count 1000 \
    --min_gex_count 500

NOTE

需注意保持之前运行的文件没有删除或移动。--outdir 为 SeekArc Tools v1.1.0 第一次分析后的目录路径。--min_atac_count 需和 --min_gex_count 一起使用，否则不生效。

参数说明

参数	参数说明
--rnafq1	表达文库 R1 FASTQ 数据路径。
--rnafq2	表达文库 R2 FASTQ 数据路径。
--atacfq1	ATAC 文库 R1 FASTQ 数据路径。
--atacfq2	ATAC 文库 R2 FASTQ 数据路径。
--samplename	样本名称。
--chemistry	试剂类型。可选：DD_AG, DD5_AG。
--outdir	结果输出目录。默认值：./。
--skip_misB	barcode 不允许碱基错配，默认允许一个碱基错配。
--skip_misL	linker 不允许碱基错配，默认允许一个碱基错配。
--skip_multi	舍弃能纠错为多个白名单 barcode 的 Reads，默认纠错为比例最高的 barcode。
--skip_len	在适配器筛选后跳过筛选短读取，将使用短读取。
--core	分析使用的线程数。
--include-introns	不启用时，只会选择 exon Reads 用于定量；启用时，intron Reads 也会用于定量。
--refpath	参考基因组路径。
--star_path	外部 STAR 软件路径。如果参考基因组中的索引由其他 STAR 构建，请指定该路径。
--qvalue	峰值检测的最小 FDR（q 值）截止值。默认值：0.001。
--nolambda	若启用则 MACS3 将使用背景 lambda 作为本地 lambda。这意味着 macs3 不会考虑峰值候选区域的局部偏差。
--snapshift	MACS3 峰值检测的移动幅度。默认值：0。
--extsize	MACS3 峰值检测的拓展幅度。默认值：400。
--min_len	峰的最小长度。如果无，则设置为 "extsize"。默认值：400。
--broad	若启用则进行广泛的峰值调用，以 UCSC gappedPeak 格式生成结果，该格式封装了峰值的嵌套结构。
--broad_cutoff	广泛的峰值调用的阈值。默认值：0.1。
--min_atac_count	定义细胞条形码峰中 ATAC 转置事件的最小数量（ATAC 计数）。
--min_gex_count	定义细胞条形码中 UMI 的最小数量（GEX 计数）。
-h，--help	显示参数说明