数据准备

作者: SeekGene

时长: 3 分钟

字数: 529 字

更新: 2026-03-30

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SeekSpace® Tools

测试数据下载

数据集1

- 试剂版本：SeekSpace® 单细胞空间转录组试剂盒 V1.1 版本（DDVA）。
- 物种信息：小鼠。
- 组织类型：卵巢。
- 芯片编号：2P241018012A2。
- 测试数据校验：MD5 35663411550cfdcd1b99fcd269b66bbc。

wget 下载方式

shell

wget -c -O WTHA5.tar "https://seekgene-public.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/software/data/demodata/space/WTHA5.tar"
# decompress
tar xf WTHA5.tar

curl 下载方式

shell

curl -C - -o WTHA5.tar "https://seekgene-public.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/software/data/demodata/space/WTHA5.tar"
# decompress
tar xf WTHA5.tar

数据集（脑，DDVS）

- 试剂版本：SeekSpace® 单细胞空间转录组试剂盒 V1.0 版本（DDVS）。
- 物种信息：小鼠。
- 组织类型：脑。
- 芯片编号：2P231224030A4。
- 测试数据校验：MD5 208efa2d39d5190abec986e9b25aa685。

wget 下载方式

shell

wget -c -O demo.tar "https://seekgene-public.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/software/data/demodata/space/demo.tar"
# decompress
tar xf demo.tar

curl 下载方式

shell

curl -C - -o demo.tar "https://seekgene-public.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/software/data/demodata/space/demo.tar"
# decompress
tar xf demo.tar

HDMI FASTQ 文件（芯片专属空间条形码；必需）

SeekSpace 空间芯片上的每个捕获区域（Capture Area）都有其专属的条形码参考信息，这些信息以 FASTQ 文件的形式存储。这些文件定义了空间坐标，用于将测序数据准确映射回组织切片。

为了确保空间分析的正确性，在进行分析之前，用户必须根据自己的芯片 ID 和捕获区域 ID 下载相匹配的 FASTQ 文件。如果您不确定您的芯片 ID，请查看芯片上的标签或联系技术支持。

Download-human-reference-GRCh38 - MD5: 75752934440590827289569e90099408
Download-mouse-reference-GRCm38 - MD5: c784f479d0124238e23547477340b080

wget 下载方式

shell

wget -c -O mm10.tar.gz "https://seekgene-public.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/software/data/reference/mm10.tar.gz"
# decompress
tar -zxvf mm10.tar.gz

curl 下载方式

shell

curl -C - -o mm10.tar.gz "https://seekgene-public.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/software/data/reference/mm10.tar.gz"
# decompress
tar -zxvf mm10.tar.gz

参考基因组的构建可以参考如何构建参考基因组？。