运行

作者: SeekGene

时长: 3 分钟

字数: 741 字

更新: 2026-02-27

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SeekSpace® Tools

运行示例

示例 1：基本用法

TIP

为分析设置必要的配置文件，包括样本数据的路径、试剂类型、基因组索引、GTF 等。使用以下命令运行 SeekSpace® Tools：

seekspacetools run \
--fq1 /path/to/demo/demo_expression_S8_L007_R1_001.fastq.gz \
--fq2 /path/to/demo/demo_expression_S8_L007_R2_001.fastq.gz \
--spatialfq1 /path/to/demo/demo_spatial_S7_L007_R1_001.fastq.gz \
--spatialfq2 /path/to/demo/demo_spatial_S7_L007_R2_001.fastq.gz \
--hdmifq /path/to/demo/2P231224030A4.fq.gz \
--samplename demo \
--outdir /path/to/outdir \
--genomeDir /path/to/GRCh38/star \
--gtf /path/to/GRCh38/genes/genes.gtf \
--chemistry DDVS \
--core 4 \
--include-introns \
--forceCell 80000 \
--min_umi 200 \
--chip_id 2P231224030A4 \
--DAPI /path/to/demo/2P231224030A4.tif

NOTE

--HE 为可选参数，如提供 HE 图片，需要指定 HE 图片路径。

参数说明

参数	参数说明
--fq1	表达文库 R1 FASTQ 数据路径。
--fq2	表达文库 R2 FASTQ 数据路径。
--spatialfq1	空间文库 R1 FASTQ 数据路径。
--spatialfq2	空间文库 R2 FASTQ 数据路径。
--hdmifq	HDMI 文库 FASTQ 数据路径。
--samplename	样本名称。仅支持数字，字母和下划线。
--outdir	结果输出目录。默认值：./。
--genomeDir	STAR 构建的参考基因组路径，版本需要与 SeekSpace® Tools 使用的 STAR 一致。
--gtf	相应物种的 GTF 路径。
--core	分析使用的线程数。
--chemistry	试剂类型，每种对应一组 --shift、--pattern、 --structure、--barcode 和 --sc5p 的组合，可选值：DDVS； DDVS 对应 空间转录组试剂盒；
--skip_misB	barcode 不允许碱基错配，默认允许一个碱基错配。
--skip_misL	linker 不允许碱基错配，默认允许一个碱基错配。
--skip_multi	舍弃能纠错为多个白名单 barcode 的 Reads，默认纠错为比例最高的 barcode。
--forceCell	选用此参数，后面加一个预期的数值 N，SeekSpace® Tools 软件会按照 UMI 从高到低取前 N 个细胞。默认值: 80000。
--min_umi	细胞的最小 UMI 数，细胞的 UMI 数低于这个数值时会被丢弃。默认值: 200。
--include-introns	不启用时，只会选择 exon Reads 用于定量；启用时，intron Reads 也会用于定量。
--star_path	指定其他版本的 STAR 路径进行比对，版本需要与 --genomeDir 版本兼容，默认的 --star_path 为环境下的 STAR。
--chip_id	芯片 ID。
--DAPI	DAPI 染色的组织图像 (TIFF)。
--HE	H&E 染色的组织图像 (TIFF)。

示例 2：支持跳过 Reads 处理步骤，对图片进行调整

seekspacetools realign \
--results_path /path/to/outdir \
--outdir /path/to/new_dir \
--samplename demo \
--chip_id 2P231224030A4 \
--core 4 \
--DAPI /path/to/demo/2P231224030A4.tif \
--alignment_file /path/to/demo/parameters.json \
--lenient_segmentation

NOTE

--HE 为可选参数，如提供 HE 图片，需要指定 HE 图片路径。

参数说明

参数	参数说明
--results_path	seekspacetools 第一次分析后的目录路径。
--outdir	结果输出目录。
--samplename	样本名称。
--chip_id	芯片 ID。
--core	分析使用的线程数。
--DAPI	DAPI 染色的组织图像 (TIFF)。
--HE	H&E 染色的组织图像 (TIFF)。
--alignment_file	包含图像调整参数 json 文件路径。
--lenient_segmentation	是否启用宽松的分割策略。