SeekSoul Online 版本更新
V5.5.2.250903
更新内容:
一、系统
1.1 使用邮箱验证时，发送验证码的接收邮箱。使用用户名绑定的邮箱，而不是用户名（部分用户名不是邮箱，发送验证码报错）。
1.2 中英文版本中，如果验证方式选择邮箱后，则隐藏手机号字段。
1.3 公司 logo 换成英文版，优化英文版操作逻辑和展示。
V5.5.1.250806
更新日期：2025 年 08 月 06 日
更新内容:
一、资源总览
【我的数据】： 优化我的数据列表加载速度；scATAC 产品新增 _GE 样本的矩阵和原始矩阵数据。
【分析流程】：优化复制流程的 bug。
【分析流程 - 高级分析】：TCR 的分组因子参数，限制不可选择 Sample；monocle2 的筛选因子和筛选对象改为必填选项
二、系统
1、云平台新增切换语言功能，支持中文和英文版本。
V5.4.1.250625
更新日期：2025 年 06 月 25 日
更新内容:
一、资源总览
【我的数据库】和 【我的基因集】： 新增部分非模式物种数据库。
【我的项目 - 分析流程】：
- 实例回收时，增加同步保存快照功能。
- 删除项目或流程时，支持同步删除流程生成的亚群数据及基于该亚群数据创建的流程。
- 亚群的 tissue 继承大群的
- 增加细胞注释，差异富集和特征分析汇总记录，以及结果总览的删除记录。
- 优化异步接口
- 优化复制流程。
【分析流程 - 基础分析】：
- 优化 SeekArc 数据初始化速度和数据存储。
- 优化初始化后全局参数调用逻辑。
- 优化推荐 RPCA 替代 CCA 方法。
【分析流程 - 画图工具】：优化小提琴图、DimPlot 和 FeaturePlot 绘图数据大小。
【分析流程 - 差异富集】： 【汇总】时，支持多个比较方案同步汇总；新增 【中止】功能，可中止差异富集方案任务；优化火山图。
【分析流程 - 高级分析】：
- mut, rMATS, Fusion, lncCoExpression 的样本信息参数默认填充。
- ATAC_Peak2Gene，删除物种参数。
- CytoTRACE 去掉页面 downsample 和 downsample_num 两个参数。
【分析流程 - 辅助信息】：meta.data 改成合并亚群注释，merge.metadata 改成合并列。
二、系统
【登录】：优化更改密码提示逻辑。
【首页 - 资料库】：模板库支持下载 Jupyter 模板。
V5.3.1.250529
更新日期：2025 年 05 月 29 日
更新内容:
一、资源总览
【我的数据】：新增合同编号和流程成员（管理员权限）列；新增关联数据功能（渠道管理员权限）。
【分析流程】：流程页面右下角新增汇总列表，记录该流程所有的汇总记录；修复亚群有分组时，初始化后未使用 Sample 的 bug；优化流程启动和关闭的速度。
【我的数据 - 数据上传】：新增 obj 是否可以做 downsample 的判断。
【分析流程 - 基础分析】：优化初始化和过滤后小提琴图；新增已选择数据的数量统计。
【分析流程 - 细胞注释】：点完 SingleR 注释或 SingleR + AI 注释按钮后，分组名称无法修改，同时新增下载注释表格功能。
【分析流程 - 画图工具】：优化降维图，Featureplot 图和小提琴图的绘图数据；优化分组热图，支持分组排布。
【分析流程 - 差异富集】：展示差异和富集分析的任务 id。
【分析流程 - 交互分析】：切割后，样本标签仅支持英文字母、数字、下划线、空格，且英文字母或者数字开头
【分析流程 - 结果总览】：优化云分析结果总览的 fastp 报告获取方式。
【分析流程 - 高级分析】：
- scVelo：支持批量上传 loom 功能（样本名.loom，zip 压缩包格式）。
- BCR/TCR：计算方法和分组因子不互斥。
- 新增 CopyscAT，ataCNV，epiAneufinder，ATAC_Monocle3，rMATs，Fusion，mut 和 LncCoExpression 高级分析。
- 新增流程类型 (processType) 参数。优化高级分析，支持 seekARC 数据分析。
二、系统
【首页】：登录和注册账号时，支持邮箱或者手机号验证。
V5.2.1.250415
更新日期：2025 年 04 月 15 日
更新内容:
一、资源总览
【样例项目】：新增 ARC（PBMC 样本）的样例项目。
【我的数据 - 数据上传】：支持标准分析 rds 中的 meta.data 没有 Sample 列。
【我的项目 - 分析流程】：复制流程时，同步复制 GSEA 结果图和高级分析中的 regulon.txt 与 meta.txt 文件。
【分析流程 - 细胞注释】：AI 注释时，输入组织信息进行 AI 注释。
【分析流程 - 画图工具】：工具栏中，新增图例放置右侧功能。
【分析流程 - 富集分析】：优化下载的差异基因表格和富集表格名称。
【分析流程 - 高级分析】：scenic、monocle2、GSVA 和 group_diffenrich 基于历史分析续跑的删除导出参数按钮。
- diffenrich：物种新增 others，选择后仅支持差异分析。
- scVelo 删除物种参数。
- 新增 CellCharter，SpaGene，cellphonedb_spatial，COMMOT 和 MISTy 空间模块。
- Banksy_SpatialClustering 的 lambda 的范围限制在 0 到 1 之间。
V5.2.1.250320
更新日期：2025 年 03 月 20 日
更新内容:
一、资源总览
【我的项目 - 个性化分析】：挂载了 BACKUP（oss）、/PROJ2/FLOAT/用户和 project（NAS）三个盘，用户可以在 project 下做数据分析；新增 【挂载】按钮，支持已开启的 jupyter 重新挂载或卸载数据；权限优化。
【我的项目 - 分析流程】： 【复制】流程时，流程类型一起复制。
【分析流程 - 基础分析】：RNA 整合新增 RPCA 方法；初始化时的分组或样本，支持数字开头。
【分析流程 - 画图工具】：添加图组中，新增自动编排 - 基因集画图功能，可绘制基因集中所有基因或打分的结果。
【分析流程 - 富集分析】：GSEA 方法的全部差异富集结果中新增 ES 峰图结果，支持选择通路后重新绘图；分组功能支持数字开头；gsea 得到的气泡图和柱状图，按照 NES 的绝对值大小排序；自定义 ORA 和 GSEA 通路绘制气泡图和柱形图时，弹窗内的表格可以看到全部的富集表格列；校验方法新增 presto、差异表格新增平均表达量列。
【分析流程 - 高级分析】：
- stlearn：筛选对象参数只能选一个，新增细胞类型参数。
- infercnv：基因最小平均表达量数值限制大于等于 0.01。
- CellChat_spatial：优化 seekSpace 类型数据的 CellChat 分析。
- monocle3、infercnv、scenic、monocle2、DiffEnrich、CytoTRACE、CellChat、scMetabolism、scVelo、scoring、group_diffenrich、Augur 和 hdWGCNA 删除分析类型参数
- ATAC_DiffEnrich：新增 ATAC 数据类型的基因和 peak 差异分析。
- GeneActivity：新增 ATAC 数据类型的基因活性分析。
- 新增参数 cloneType 计算方法（ct）参数，默认 Sample
二、系统
【智能咨询】：优化 PC 端和移动端的业务逻辑、页面美化、回复内容和功能；删除在线咨询按钮；该功能按钮移到了智能助手 AI 回复消息下；移动端链接：https://xunxiaoyin.seekgene.com/#/mobileChat
V5.2.1.250226
更新日期：2025 年 02 月 26 日
更新内容:
一、资源总览
【分析流程 - 差异富集】：GSEA 的结果按照 NES 列从大到小排序；差异分析新增 presto 软件，可加快分析进度；差异表格新增基因的平均表达量。
V5.1.1.250218
更新日期：2025 年 02 月 18 日
更新内容:
一、资源总览
【分析流程 - 数据上传】：标准分析结果类型数据，校验上传文件的名称只支持英文字母、数字和下划线
【分析流程 - 细胞注释】：新增 SingleR + AI 注释（同时使用 SingleR 和 cluster top20 的基因基于大语言模型进行注释，支持人工选择最终注释）；大鼠的 ref_Mouse_all 改为 ref_Rat_all。
【分析流程 - 富集分析】：报告中富集结果的图片名称新增数据库字符串。
【分析流程 - 高级分析】：新增流程类型参数，基于分析的数据类型（比如 scRNA，scRNA + VDJ 等）控制可以使用的高级分析内容。
- BCR、TCR 和 scVelo 增加解冻功能。
- float 任务名称添加项目 id-流程 id-高级分析 id 信息。
- 支持 jp_envs 路径下的环境
二、系统
【智能咨询】：支持基于寻因数据库的问答和细胞注释，可完成实验、生信、云平台等诸多问题答疑；（右下角的智能咨询功能）
V5.1.1.250116
更新日期：2025 年 01 月 16 日
更新内容:
一、资源总览
【分析流程 - 基础分析】：限制 【分组】填写规则，只能输入英文，数字和下划线，且英文开头；优化跳过过滤的提示信息。
【分析流程 - 画图工具】：小提琴图工具栏中，新增显示内部箱型和显示均值线参数。
【分析流程 - 差异富集】：小提琴图和热图，对照组在前，实验组在后；优化热图和小提琴图文字大小。
【分析流程 - 高级分析】：
- 新增 hdWGCNA。
- monocle3：downsample 必填
- cellchat：分组因子与筛选因子互斥；筛选因子改成分组比较，筛选对象改成比较对象；细胞类型校验至少选择 2 个类型，新增全部删除功能。
- NicheNet：分组因子与分组比较互斥
- monocle3、infercnv、scenic、monocle2、DiffEnrich、CytoTRACE、scMetabolism、scVelo、scoring 和 group_diffenrich 分析类型的下拉框去掉 10X_Visium
【分析流程 - 辅助信息】：新增格式转换功能，支持 metadata 的某列转换为字符型或数值型；raw_Sample 列不可删除，不可修改。
V5.1.1.250102
更新日期：2025 年 01 月 02 日
更新内容:
一、资源总览
【分析流程 - 基础分析】：优化空间样本初始化无法修改 Sample 的 bug。
【分析流程 - 细胞注释】：细胞注释分辨率列表，至少保留一个分辨率结果；使用全部基因计算 Fold Change；添加分辨率功能优化成异步接口；gene 列支持精确搜索；兼容 ATAC 和 RNA 多组学结果注释与绘图。
【分析流程 - 画图工具】：兼容 ATAC 数据降维结果可视化。
【分析流程 - 差异富集】：差异基因阈值，最小值调整为 0.001。
【分析流程 - 交互分析】：新增 ATAC 峰图，兼容 ATAC 数据降维结果可视化。
【分析流程 - 高级分析】：新增 Augur 分析内容，用于寻找最先对实验条件做出响应的细胞群。
【分析流程 - 辅助信息】：metadata、上传合并 meta 和复制列三个功能，校验覆盖云平台特定字段的优化；meta.data 将大群标签合并到亚群，不引入 NA。
二、系统
【资料库】：新增云平台高级分析视频。
【登录页】：优化提示用户重新登录的信息。
【AI 助手】：新增细胞 marker 的 ai 助手。
【marker】：Cell_Marker 列支持精确搜索。
V4.4.1.241219
更新日期：2024 年 12 月 19 日
更新内容:
一、资源总览
【参数模板】：新增 ATAC 的参数模板；寻因推荐、SeekSpace 和 ATAC 的参数模板，增加线粒体基因集过滤，阈值为 0-20。
【分析流程 - 基础分析】：支持寻因生物 scATAC 的基础分析（单样本和多样本整合）。
【分析流程 - 细胞注释、特征分析、画图工具、差异富集和交互分析】：限制输入框，不能输入基因等特殊字符。
【分析流程 - 高级分析】：
- NicheNet：<处理组>与<对照组>互斥。
- TCR、BCR 和 scVelo：新增匹配不到数据情况的处理方法（联系销售申请释放在上传）；优化 TCR 和 BCR 的查看参数；BCR 新增参数因子类型（sub_celltype），可选择特定亚群进行分析。
- monocle3：新增参数 downsample：默认填充 False。
二、系统
【学习天地】：将数据库添加到学习天地中。
V4.4.1.241204
更新日期：2024 年 12 月 04 日
更新内容:
一、资源总览
【参数模板】：寻因推荐和 SeekSpace 参数模板聚类去掉分辨率 0.8 和 PCA 维数 30；寻因推荐颜色模板扩充到 60 个。
【分析流程】：优化同一时间大量 【启动】导致启动失败的 bug；新增 celltaxonomy 数据库 marker 表格，并支持创建基因集。
【分析流程 - 基础分析】： 【初始化】时新增冷存判断提示；支持 cluster 数小于等于 60 的数据分析。
【分析流程 - 画图工具】：优化图例与标题重复的 bug；云分析隐藏样本整合降维图标签。
【分析流程 - 差异富集】：差异分析的火山图、热图和小提琴图的绘图基因由 50 个改成 20 个；富集参数说明中，新增云平台默认支持的物种列表。
【分析流程 - 结果总览】：优化空间报告标题、描述信息、表注信息和图注信息，新增实验操作和 method 内容。
【分析流程 - 辅助信息】：标签管理中，新增上传合并 meta 和复制列
【分析流程 - 高级分析】：Diffenrich 优化标注描述；减少 infercnv 和 monocle2 分析时长；GSVA 默认 downsample
V4.4.1.241120
更新日期：2024 年 11 月 20 日
更新内容:
一、资源总览
【我的项目】：优化项目创建人 + 项目成员均可以搜索到项目的 bug。
【我的数据】：seekspace 只关联标准分析结果。
【我的数据 - 数据上传】：新增删除样本的提示；用户账号失效/延期后，用户上传数据的到期时间也同步修改。
【我的流程 - 基础分析】：分组列表，根据样本名进行排序。
【分析流程 - 细胞注释】：页面删除分辨率等结果，对应文件也删除。
【分析流程 - 画图工具】：开放画图工具三个自动编排的使用（生信 - 技术权限），可用于自动绘制分析报告中的图片；dotplot 新增设置表达量阈值功能；降维图和 Featureplot 图，新增矢量图参数，默认否。
【分析流程 - 特征分析】：新增大鼠预制基因集。
【分析流程 - 差异富集】：页面删除比较方案等结果，对应文件也删除；比较组合默认选择第一个；以完成的比较组合，仅支持查看分析参数，不支持再次提交；新增 downsample 参数为否时的提示。
【分析流程 - 结果总览】：报告中的 header 文字优化。
【分析流程 - 高级分析】：cellchat 分析结果优化。
二、系统
【登录页】：优化登录页面提示。
【个人信息】：修改密码手机号等，新增验证码功能。
V4.4.1.241106
更新日期：2024 年 11 月 06 日
更新内容:
一、资源总览
【分析流程 - 个性化分析】：支持针对云平台结果进行代码的分析（内部权限）
- 模板库：新增模板库，可将 .ipynb 文件上传到私有和公有库中，并支持删除自己上传的模板；也可从模板库中拉取分析模板；同时模板支持直接预览并可从主页「资料库 - 分析/文档」进行预览。
- Jupyter 链接：数据分析列表新增【详情】按钮，点击后跳转到 Jupyter 页面。
- 重置资源：允许用户申请对应计算节点，当有 jupyter 在线时，会先关闭当前节点再开通新节点。
- 获取链接：点击【获取链接】后，可以获取文件 oss 地址，或者回推到 lims 对应批次的结果文件中。
- 汇总结果：点击【汇总】，可将文件汇总到对应流程结果总览的「个性化分析」中。
- 日志管理：新增个性化分析日志和使用费用。
【分析流程 - 辅助信息】：meta.data 列表只显示当前项目下的流程。
【分析流程 - 高级分析】：新增 Banksy_SpatialClustering 分析，介绍可参看高级分析 FAQ 中的 Q9。
二、系统
【数据删除】：
- 样例项目删除：拉取 30 天后，页面自动删除（删除前 7 天发送邮件提醒下载数据）。
- 流程彻底删除：在页面已删除的全部流程（包括上述样例项目流程），页面删除 30 天后，删除数据库和 oss 文件。
V4.4.1.241016
更新日期：2024 年 10 月 16 日
更新内容:
一、资源总览
【参数模版】：差异默认不 downsample；差异判断条件新增 p_val 类型。
【分析流程 - 差异富集】：
- 比较方案：新增分析进度；修复新建方案比较组合搜索后，无法点击切换顺序的 bug
- 表格优化：差异分析表格展示 type 列；富集结果表格默认用 count 排序；GO, KEGG 结果，点击 term 可展示基因集 ID。
- 图片优化：火山图图例顺序调整（up/down/no-sig）；新增富集分析柱状图；优化下载的图表名称（方案名_细胞类型_比较组合_上下调类型_表格类型/图片类型）
- 分析参数：log2FC 默认设置成 0；新增整体 GO 选项及绘图
【分析流程 - 高级分析】：BCR 和 TCR 新增分析批次编号下拉框，可根据批次编号选择结果文件，同时去掉文件的路径信息
【分析流程 - 结果总览】：删除基础分析中的图片结果，流程信息中新增实验操作和生物信息分析流程图和描述信息；新增 method 文档。
V4.4.1.240912
更新日期：2024 年 09 月 12 日
更新内容:
一、资源总览
【我的项目】：项目列表自定义增加合同编号、合同名称和描述
【分析流程 - 基础分析】：修复做到过滤后流程重启的 bug。
【分析流程 - 交互分析】：支持多样本展示
【分析流程 - 高级分析】：
- BCR 和 TCR：新增批量上传配置功能。
- GSVA：新增 downsample 参数，基因集限制只能选择 1 个。
- scenic：优化根据历史任务名称参数，设置 Regulon 参数下拉选项。
- scMetabolism：分析方法去掉 gsva 和 ssgsea。
二、系统
【首页】：新增云平台首页，包括公告、资料库（学习视频、分析代码、demo 数据等）、项目文章等、用户类型等内容。
V4.4.1.240821
更新日期：2024 年 08 月 21 日
更新内容:
一、资源总览
【我的数据 - 数据上传】：支持批量上传（生信和渠道权限）；有效期与账号保持一致；删除上传数据时，保留上传记录，并删除数据。
【我的项目 - 分析流程】：优化上传的 rds，获取自带分辨率
【分析流程 - 细胞注释】：参考集中的细胞名称中的 - 换成 _
【分析流程 - 画图工具】：新增 AI 绘图；优化绘图基因多导致的超时提示信息
【分析流程 - 高级分析】：CytoTRACE 和 copyKAT 新增 downsample 参数
二、系统
【配色方案】：连续型颜色支持设置多种颜色。
【用户管理】：标准分析和云分析项目合同用户，可使用全部模块，质控项目用户，仅可使用基础分析、细胞注释、画图工具、交互分析和结果总览。
V4.4.1.240731
更新日期：2024 年 07 月 31 日
更新内容:
一、资源总览
【我的项目 - 分析流程】：流程列表中新增更新时间并且按照更新时间排序。
【我的数据】：优化数据细胞数，根据标准分析和上传的数据计算和展示细胞数。历史数据中，如果没有，默认每个样本 1w。
【分析流程 - 基础分析】：优化我的数据库和我的基因集结构。
【分析流程 - 细胞注释】：优化基因集绘图时的横坐标排序；参考集中的细胞类型名称中，/ 替换成 or，+ 替换成空格。
【分析流程 - 画图工具】：分组因子和拆分因子里的标签按英文字母顺序或数字大小排。
【分析流程 - 差异富集】：增加运行中的任务可查看参数功能。
【分析流程 - 高级分析】：新增导入参数功能，支持历史任务参数一键导入；cellphonedb 细胞类型必须选择 1 种以上；scenic 的 regulon 参数，改成下拉框，选择后可进行 二次分析。
【分析流程 - 辅助信息】：meta.data 页面，新增先选择流程状态为在线的大群流程，再选择亚群流程的提示。
二、系统
【参数模板】：以 Range 方式按基因集表达比例过滤，默认阈值改成 0～10。
V4.4.1.240717
更新日期：2024 年 07 月 17 日
更新内容:
一、系统
【用户管理】：新增渠道管理员用户、渠道用户、渠道子用户角色和权限，其中渠道管理员和渠道子用户未上下级关系，具有创建、分配上传数量、回答问题等功能。
V4.4.1.240710
更新日期：2024 年 07 月 10 日
更新内容:
一、资源总览
【我的数据 - 数据上传】：新增上传人字段。
【分析流程 - 画图工具】：饼图新增排序参数，按照分组因子顺序绘图。
【分析流程 - 差异富集】：新增比较方案的完成时间
【分析流程 - 高级分析】：scVelo、TCR、BCR 【查看】中新增删除按钮；删除 scVelo 的筛选因子和筛选对象参数；优化高级分析数据存储
【分析流程 - 个性化分析】：新增模板数据库，支持上传和下载 jupyter 模版。
二、系统
【配置管理】：优化配置管理中图片存储。
【样例项目】：空间样例项目替换成 1092 样本。
V4.4.1.240626
更新日期：2024 年 06 月 26 日
更新内容:
一、资源总览
【分析流程 - 基础分析】：基础分析完成时，新增保存快照功能。
【分析流程 - 差异富集】：差异富集分析的结果默认优先展示所有差异；优化 GSEA 方法多次分析结果保持一致；交互的柱状图和热图、小提琴图顺序一致。
【分析流程 - 辅助信息】：meta.data 列表新增"流程编号"列。
【分析流程 - 高级分析】：
- 高级分析列表新增一列分析完成时间；新增高级分析完成后发送提醒邮件信息。
- 新增 scoring 和 group_diffenrich 两种高级分析。
- 优化 Monocle 的 state 参数设置。
- 优化 scVelo 参数设置。
- copyKAT 和 scVelo：拆分因子改成筛选因子，拆分对象改成筛选对象。
- 优化 Diffenrich、monocle3、CytoTRACE、infercnv、scMetabolism、scVelo：分析类型参数。
- infercnv 新增大鼠物种
【分析流程 - 交互分析】：优化网络过慢情况下频繁切换 select 选项导致结果不一致（禁止频繁点击）
二、系统
【个人信息】：新增设置报告 logo，邮箱，电话，高级分析报告题目功能（渠道用户权限）。
【个人信息】：AI 手机端页面美化。
【样例项目】：样例项目，去掉流程成员。
【参数模板】：寻因推荐参数模板中，umi 最小值从 300 改成 200。
V4.4.1.240613
更新日期：2024 年 06 月 13 日
更新内容:
一、、资源总览
【我的数据 - 数据上传】：rds 文件根据 Sample 计算样本数量，并自动扣除可上传数量；支持最大细胞数为 50w。
【分析流程 - 基础分析】：基因集过滤结果保存到 metadata。
【分析流程 - 细胞注释】：基因表达量图按照细胞名称顺序排序。
【分析流程 - 画图工具】：自动调整 spatial 图片宽度；气泡图新增拆分因子参数。
【分析流程 - 交互分析】：支持下载 png 和 svg 图片，图中增加比例尺和图注。
【分析流程 - 高级分析】：
- GSVA 中<分组因子>与<分组比较>标签互斥。
- CytoTRACE 的<细胞类型>至少选择 2 种及以上，拆分因子和拆分对象改为筛选因子和筛选对象。
- monocle3、cellphonedb 和 infercnv 的物种由拉丁改成英文，并优化输入框问题提示。
- 优化 monocle2 参数默认设置。
- 优化 infercnv 分析资源配置。
- cellchat 页面新增提示信息 CellChat 需执行 2 步才可得到结果，详情看 FAQ 的 Q5。
- 优化高级分析发送报错逻辑。
【分析流程 - 结果总览】：
- 自动注释结果位置调整。
- 测序质控，文库质控，样本信息新增图表名称列。
- 优化「差异富集」模块 ora 和 gsea《富集结果》的表注。
【分析流程 - 辅助信息】：下载的空间 rds 文件，保存 he 和 ssdna 的 png 图片
二、系统
【在线咨询】云平台新增 AI 智能问答功能，初次咨询时 AI 回答，可选择人工回复；手机端 AI 首页增加提醒文字，首页美化后会添加到公众号中。
V4.3.1.240522
更新日期：2024 年 05 月 22 日
更新内容:
一、资源总览
【我的数据 - 数据上传】：校验 rds 文件必须同时包括 umap 和 tsne 降维；meta.data 必须包括 Sample 列；优化 umap 降维名称。
【分析流程 - 分析流程】：优化无法启动的流程报错信息
【分析流程 - 交互分析】：
- 新增图片位置调整功能；新增返回上一步或原始状态功能
- 新增切割的还原功能，可返回上一步或原始状态（调整和切割均视为对图片的调整）
- 优化页面样式
【分析流程 - 高级分析】：增加任务 id 列；优化任务删除逻辑
- infercnv <分析细胞类型>必选，与<参考细胞类型>互斥
- monocle2 <细胞类型>必须选择 2 种及以上细胞类型；筛选因子选填；新增 downsample 功能，分析类型字段优化调整
- monocle3 <拆分因子>必填，历史记录增加细胞类型参数。
- scenic 新增 downsample 功能，分析类型字段优化调整
【分析流程 - 结果总览】：优化差异富集结果中，细胞名称太长导致无法删除的情况
【我的数据库 - 我的基因集】：基因集物种支持搜索选择
V4.2.1.240508
更新日期：2024 年 05 月 08 日
更新内容:
一、云平台 - 资源总览
【分析流程 - 数据上传】：rds 的 metadata 不能含 NA，matrix 的 Barcode 中去掉了路径。
【分析流程 - 细胞注释】：优化基因集结果缓存。
【分析流程 - 差异富集】：根据富集方法参数，优化 GSEA 和 ORA 导入结果总览的表头。
【分析流程 - 交互分析】：离散型颜色，随着画图工具的配色方案同步修改，新增调整 HE 图片颜色组合按钮。
【分析流程 - 辅助信息】：标签管理中，Sample、以 resolution 开头的列，去掉编辑功能。
【分析流程 - 高级分析】：优化 cellphonedb、GSVA 和 copyKAT 分析流程，优化 monocle2 续跑逻辑。
【分析流程 - 结果总览】：参数统计中，新增自动注释的参数；所有绘图结果堆叠展示；优化质控文库，测序文库列表。
二、系统
【链接登录】：点击流程链接，登录后可直接跳转到对应流程中。
【用户管理】：新增第三方管理员功能，可单独查看从第三方访问和注册的用户数量和名单。
V4.2.1.240424
更新日期：2024 年 04 月 24 日
更新内容:
一、系统
【配置管理】：优化参数和 FAQ
V4.1.2.240417
更新日期：2024 年 04 月 17 日
更新内容:
一、资源总览
【分析流程】：优化流程编号规则。
【我的数据 - 数据上传】数据上传大小限制 5G。
【分析流程 - 画图工具】：小提琴图共享 y 轴默认关闭。
【分析流程 - 结果总览】：增加用户下载历史报告功能；内容描述优化，
【分析流程 - 交互分析】：新增 HE 背景图和图片的切割
二、系统
【在线咨询】：优化用户与技术支持的绑定关系
【流程管理】：优化管理员的复制和共享权限
V4.1.1.240320
更新日期：2024 年 03 月 27 日
更新内容:
一、资源总览
【我的数据 - 数据上传】：增加标准分析结果的说明
【分析流程 - 交互分析】：新增 ssDNA 图片切割和替换功能
【分析流程 - 高级分析】：
- 优化 monocle3、monocle2、scenic、cellphonedb，Diffenrich 参数。
- 在基于历史结果重分析时，优化参数填充逻辑。
- Cellchat 的配体细胞和受体细胞限制为细胞类型的子集。
- 新增 copyKAT，scMetabolism，GSVA，NicheNet，scVelo 分析类型。
【分析流程 - 结果总览】：新增流程链接，新增质控相关的数据
二、系统
【用户管理】：优化用户管理功能
【在线咨询】：优化未读消息数量提醒
【使用说明】：高级分析、标签管理使用说明的更新与新增
【配置管理】：新增 CellChat 使用教程，「特征分析」与创建基因集的区别
V4.0.20.240306
更新日期：2024 年 03 月 06 日
更新内容:
一、资源总览
【我的项目 - 样例项目】：样例项目新增空间流程
【分析流程】：流程新增流程编号
【分析流程 - 细胞注释】：标签的输入框，限制不能输入基因名等特殊字符。
【分析流程 - 基础分析】：优化 CCA 报错提示文字，优化 【完成】时的蒙板状态逻辑
【分析流程 - 细胞注释】：细胞名称只能输入数字、字母、下划线和空格。
【分析流程 - 画图工具】：小提琴图新增表达量统计表，所有类型图片图例位置优化。
【分析流程 - 高级分析】：增加 BCR、TCR、CytoTRACE 和 CellChat 的参数说明。
【分析流程 - 辅助信息】：新增标签管理功能。
V4.0.18.240124
更新日期：2024 年 01 月 24 日
更新内容:
一、资源总览
【我的数据 - 数据上传】：数据上传兼容 features.tsv.gz 只有一列的情况；优化数据上传提示，页面新增权限数量。
【分析流程】：流程新增流程成员列，可对流程单独设置权限。
【分析流程】：基因集验证（细胞注释、差异富集、画图工具等），统一提示信息。
【分析流程 - 画图工具】：小提琴图中新增检验方法字段，可设置隐藏/显示；dotplot 图新增统计表，y 轴文字长度超过 50 换行；热图图注和标注修改。
【分析流程 - 亚群选择】：生成的数据，项目成员间可共享。
【分析流程 - 差异富集】：富集气泡图的颜色范围根据 padj 范围自动设置。
【分析流程 - 高级分析】：高级分析新增 CytoTRACE 和 CellChat。
【分析流程 - 结果总览】：调整「参数统计」位置。
V4.0.17.240111
更新日期：2024 年 01 月 11 日
更新内容:
一、资源总览
【分析流程 - 基础分析】：基础分析新增单样本过滤统计表；流程初始化新增基础分析 - 细胞注释 - 画图工具 - 差异富集功能。
【分析流程 - 高级分析】：scenic 分析支持基于历史结果重分析功能；优化 DiffEnrich。
【分析流程 - 结果总览】：优化结果汇总字体、图片大小等。
二、系统
【注册和登录】：登录和注册页，新增云平台用户政策和隐私协议。
V4.0.16.231227
更新日期：2023 年 12 月 27 日
更新内容:
一、资源总览
【分析流程】：流程新增合同编号与名称，支持可修改；所有模块添加参数说明和 FAQ
【分析流程 - 基础分析】：过滤中，自定义基因集小提琴图支持导入结果总览。
【分析流程 - 细胞注释】：细胞注释的 marker 基因表格，列名 logFC 改成 log2FC。
【分析流程 - 画图工具】：新增自定义自动编排。
【分析流程 - 差异富集】：差异富集模块中，柱状图汇总到结果总览拆分成比较对。
【分析流程 - 交互分析】：新增画线矩形进行数据统计展示；优化数据处理逻辑，加速数据处理。
【分析流程 - 高级分析】：高级分析新增 TCR 和 BCR 联合分析
【分析流程 - 结果总览】：同级标题可移动。
【辅助信息】中样本表移动到【结果总览】。
V4.0.15.231213
更新日期：2023 年 12 月 13 日
更新内容:
一、资源总览
【我的项目 - 样例项目】：样例项目，高级分析更新为新版报告。
【分析流程 - 基础分析】：优化 CCA 整合失败提示信息；页面新增参数说明和 FAQ 文档
【分析流程 - 细胞注释】：细胞注释提示信息优化，当只有一种细胞类型时，无法分析和保存。
【分析流程 - 差异富集】：差异结果热图的顺序与比较组合顺序保持一致；富集分析 terms 名字改成小写。
【分析流程 - 交互分析】：新增因子全选、页面全屏功能；标记细胞的 metadata 输入框改成的下拉框，可输入也可选择。
【分析流程 - 高级分析】：高级分析 scenic 模块，支持单细胞类型分析；修改报告下载命名规则。
V4.0.12.231130
更新日期：2023 年 11 月 30 日
更新内容:
一、资源总览
【参数模板】：调整寻因推荐参数设置。
【我的项目】：我的项目列表以更新时间排序；添加云平台引导内容，从资源总览引导到创建流程。
【我的数据 - 数据上传】：新增分享功能，可将上传的样本分享到其他账号中。
【分析流程】：云平台所有物种，改成拉丁名 (英文名) 形式。
【分析流程 - 基础分析】：优化初始化选择的样本顺序；提升基础分析页面加载效率。
【分析流程 - 细胞注释】：优化分辨率删除逻辑。
【分析流程 - 画图工具】：设置中添加 Arial 字体。
【分析流程 - 特征分析】：特征分析的汇总，点击之后，加了一个蒙版。
【分析流程 - 差异富集】：在比较组合下方，添加一个搜索框，支持客户进行检索。
【分析流程 - 交互分析】：新增交互分析模块，可用于转录组与自研 SeekSpace 空间产品联合分析。
【分析流程 - 高级分析】：新增 cluster 间的差异富集分析 (Diffenrich)。
【分析流程 - 结果总览】：优化差异富集结果顺序。
二、系统
【登录】：云平台登录页面，新增密码找回功能；一个账号同时只能在一台电脑上登录。
【用户管理】：优化账号过期邮件格式和数据释放邮件格式。
V4.0.12.231101
更新日期：2023 年 11 月 15 日
更新内容:
一、资源总览
【参数模板】：寻因推荐参数模版，新增 GO、KEGG 和 REACTOME 数据库；基因集过滤，默认为空。
【分析流程】：所有导入按钮，导入改成汇总，下载图形按钮改成文字按钮；所有新建图形按钮，改成了文字按钮；优化流程右上角状态，保持实时更新。
【我的数据 - 数据上传】：优化 matrix 类型，支持多选数据。
【分析流程 - 基础分析】：优化基础分析进度条，新增提示时间。
【分析流程 - 细胞注释】：top 基因弹窗中，新增获取 top 基因生成基因集功能；优化 修改注释弹窗表格，下载的文件名称添加项目、流程等信息
【分析流程 - 画图工具】： 【添加标签】功能，可以按照基因表达量进行标记。
【分析流程 - 特征分析】：图片支持导入结果总览。
【分析流程 - 解雇总览】：差异富集表格下载文件名称添加流程、分组、比较对等信息；报告文字修改和结构优化。
二、系统
【在线咨询】优化在线咨询逻辑。
【配置管理】新增配置管理，用于页面的参数说明和结果说明等。
V4.0.11.231018
更新日期：2023 年 10 月 18 日
更新内容:
一、资源总览
【我的数据库】：数据库绑定基因集。
【分析流程】：流程内可以随时编辑名称，描述。
【分析流程 - 基础分析】：流程中自动匹配对应物种数据，无法匹配则置空，并进行提示。
【分析流程 - 细胞注释】：细胞注释和差异富集页面，可以按比例缩放，加一个缩放按钮
【分析流程 - 画图工具】：支持调整分组因子和拆分因子顺序，新增调整配色功能。
【分析流程 - 差异富集】：增加自定义绘制富集气泡图功能。
V4.0.10.230927
更新日期：2023 年 09 月 27 日
更新内容:
一、资源总览
【分析流程 - 画图工具】增加修改字体功能；增加 features 清空功能。
【分析流程 - 辅助信息】下载链接转为临时链接
二、系统
【在线咨询】：新增在线咨询功能。
【权限设置】流程增加用户权限设置。
V4.0.9.230920
更新日期：2023 年 09 月 20 日
更新内容:
一、资源总览
【我的项目】：优化共享的账号匹配逻辑。
【我的数据库】：添加数据库或基因集时，默认使用原名称，可编辑
【分析流程】：优化物种信息配置。
【分析流程 - 基础分析】：优化基础分析完成逻辑；修改过滤页面的应用不重置结果的 bug。
【分析流程 - 细胞注释】：优化保存细胞注释结果逻辑；细胞注释表格支持下载，新增导入 【结果总览】功能；注释参考集增加分类标签。
【分析流程 - 差异富集】：差异富集结果汇总增加蒙板。
【分析流程 - 亚群选择】：新建亚群流程时，自动选择对应数据。
【分析流程 - 高级分析】：优化高级分析执行环境；优化 infercnv 参数。
【分析流程 - 辅助信息】：优化数据下载逻辑。
【分析流程 - 结果总览】：结果总览中，基础分析图片点击后，可以跳转至对应模块位置
V4.0.8.230906
更新日期：2023 年 09 月 06 日
更新内容:
一、资源总览
【参数模板】：颜色模版，连续颜色换成灰到蓝。
【分析流程】：新增流程复制功能。
【我的项目 - 样例项目】：新增转录组样例项目。
【分析流程 - 结果总览】：原数据探索修改成结果总览，优化报告目录结构和功能。
【分析流程 - 差异富集】：新增比较方案时，支持新建比较组。支持一键导入比较方案结果功能。
【分析流程 - 辅助信息】：辅助信息下载数据增加权限，技术支持和客户无权下载数据。
二、系统
【登录】：调整注册用户使用权限。
【页面布局】：标题栏新增自定义风格；界面美化。
V4.0.7.230823
更新日期：2023 年 08 月 23 日
更新内容:
一、资源总览
【我的数据库】：优化我的数据库和基因集物种选择逻辑。
【分析流程 - 细胞注释】：优化自动注释逻辑；统一 featureplot 于降维图的降维方式；新增基因表格下载功能。
【分析流程 - 差异富集】：优化差异基因图片与表格对应关系；新增差异富集表格下载功能。
【分析流程 - 画图工具】：新增菜单栏。
二、系统
【登录】：新增注册功能；注册用户权限调整；增加手机号验证功能。
【用户管理】：调整显示的账号信息；优化创建和到期功能逻辑。
【页面布局】：页面 UI 美化。
V4.0.6.230809
更新日期：2023 年 08 月 10 日
更新内容:
一、资源总览
【分析流程 - 高级分析】：增加 monocle2 模块。
【分析流程 - 差异富集】：支持组间差异富集分析，生成细胞注释、差异富集模块报告
【分析流程 - 基础分析】：新增基础分析 + 细胞注释，基础分析 + 细胞注释 + 差异富集分析自动编排；优化基础分析进度自动刷新。
【分析流程 - 画图工具】：新增描述功能；基因默认收缩，可点击展开。
二、系统
【参数模板】：新增差异和富集的参数；新增自定义颜色功能。
【页面布局】：界面主题美化。
【资源设置】：优化资源，支持大数据量分析（20w 左右）。
V4.0.5.230703
更新日期：2023 年 07 月 03 日
更新内容:
一、资源总览
【我的数据 - 数据上传】：兼容辅助信息下载的 rds 文件。
【分析流程 - 细胞注释】：模块更新升级。
【分析流程 - 基础分析】：新增一键化分析功能；优化使用说明文档。
【分析流程 - 画图工具】：小提琴图新增显著性统计、features 参数新增新建基因集功能。
【分析流程 - 特征分析】：新增添加特征集功能。
【分析流程 - 差异富集】：富集分析选择绝对值的 bug 优化。
【分析流程 - 高级分析】：优化高级分析资源；infercnv 使用全部细胞。
V4.0.4.230609
更新日期：2023 年 06 月 09 日
更新内容:
一、资源总览
【资源总览】：优化我的数据库、我的基因集、参数模板和使用说明功能。
【我的数据】：包括原始矩阵、样本、亚群和标准分析结果四种。
【分析流程 - 基础分析】：优化基础分析页面布局和逻辑，基础分析完成前，所有步骤均可重复操作，标准 rds 初始化之后允许跳过整合/聚类，参数和动图颜色均来源于选择的模版。
【分析流程 - 画图工具】：优化分组和图片排序功能；features 支持拖动排序；分组因子支持单选和多选；优化分组因子和拆分因子展示形式，优化绘图数据；新增饼图绘图方式。
更新日期：2023 年 05 月 11 日
更新内容:
一、资源总览
【资源总览】：新增我的数据库、我的基因集、参数模板和使用说明功能
【分析流程 - 画图工具】：数据探索更新为画图工具。
二、系统 【登录】登录地址改用域名。
V4.0.1.230420
更新日期：2023 年 04 月 20 日
更新内容:
一、资源总览 (原分析项目):
【分析项目】：《分析项目》改为《资源总览》，优化页面结构，新增"我的项目"和"我的数据"列表，修改和新增 【创建项目】和 【快速创建流程】按钮；调整数据上传逻辑。
【我的项目】：新增项目共享功能，优化项目编号规则。
【分析流程】：流程列表美化，新增关闭流程功能。
【分析流程 - 数据探索】：报告下载添加正在下载提示。
【分析流程 - 差异富集】：报告下载添加正在下载提示。
二、系统
【列表】：美化列表格式，支持搜索、排序等功能。
V4.0.0.230406
更新日期：2023 年 04 月 07 日
更新内容:
一、资源总览
【分析项目 - 数据探索】新增分组绘图功能，支持图片在分组内和组间移动；新增图例细胞数统计是否展示功能；新增设置图中标签是否展示功能；新增调整渐变图例范围功能。
【分析项目 - 差异富集】优化气泡图中 Y 轴文字排版。
二、系统
【登录】：调整密码 5 次输错机会，超过 5 次需要等待 30min。
【个人信息】：新增个人信息展示与修改等功能。
【页面布局】：优化云平台页面结构布局。
V3.0.0.230320
更新日期：2023 年 03 月 20 日
更新内容:
一、资源总览
【分析流程】增加云平台报告表格下载功能，
【我的数据 - 数据上传】：优化数据上传速度。
【分析流程 - 画图工具】：新增绘制热图。
【分析流程 - 特征分析】：特征分析支持多数据集分析。