输出结果
时长: 3 分钟
字数: 553 字
更新: 2026-05-12
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输出目录结构
--outdir 下的最终结果布局组织如下：
fastp/：原始 FASTQ 文件和提取 barcode 后的 FASTQ 文件的 QC 报告${sample}/${sample}_exp/：转录组分析结果，包括过滤后的矩阵、聚类和差异表达输出${sample}/${sample}_methy/step1/：解析了 barcode 并进行分片的甲基化 FASTQ 文件${sample}/${sample}_methy/step2/：Bismark BAM 文件和比对报告${sample}/${sample}_methy/step3/：单细胞 BAM、合并的 BAM、ALLC 文件、合并的 ALLC 文件和 MCDS 数据集${sample}/${sample}_methy/step4/：甲基化降维、聚类和可视化输出${sample}/：样本级别的摘要报告，包括甲基化摘要和 RNA-甲基化联合 HTML 报告- Nextflow 运行产物：
execution_report.html、execution_timeline.html、pipeline_dag.html和execution_trace.txt
重要的结果文件
常见的文件和目录包括：
${sample}_methy_summary.json：甲基化处理的摘要指标${sample}_wgs_summary.csv：甲基化摘要表${sample}_rna_methyl_report.html：转录组加甲基化综合报告split_bams/：按细胞 barcode 分组的单细胞 BAM 文件allcools/：每个细胞的 ALLC 文件allcools_generate_datasets/：用于下游甲基化分析的 MCDS 数据集${sample}.mcds：由 ALLCools 生成的多尺度甲基化数据集*.CGN-Merge*：CG 上下文合并的 ALLC 输出
如何使用中间 BAM 输出
如果您需要将单细胞 BAM 文件用于下游分析（如 CNV 或自定义后处理），请参阅：
如果您需要对下游读数敏感的分析进行 PCR 去重，请参阅：
注意事项
- 默认情况下，
split_bams/包含原始的单细胞比对结果，未进行 PCR 去重。 allcools/和allcools_generate_datasets/是甲基化下游分析的主要入口点。- 某些结果文件的确切存在与否取决于使用的工作流，特别是您运行的是
rna_met还是methy_only。