更新日志

作者: SeekGene

时长: 3 分钟

字数: 553 字

更新: 2026-05-12

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甲基化 + RNA 双组学 更新日志

本项目的所有重要更改都将记录在此文件中。

[2.1.2] 2026-04-30

修复

• 删除了 Fastp 参数 --max-len1 60 --max-len2 0。
• 修复了几个配置问题。

[2.1.1] 2026-03-24

修复

• 解决了 sc_methy_workflow.sh 中的输入错误 "* Chromosome chrM doesn't present in the .genome file. *"。

[2.1.0] 2026-03-13

修复

• 修复了当正向和反向 fastq 数量不相等时批量 FASTQ 结果丢失的问题。

[2.0.0] 2026-02-26

新增

• 增加了构建参考基因组数据库目录 (--database_dir) 的指南。
• 增加了 force_cell 工作流，用于根据以前的输出更新结果。
• 增加了对 sample_id 和 outdir 的验证；现在不允许使用空格并将其规范化为下划线。

变更

• 通过拆分为较小的任务并合并结果优化了 MCDS 生成。
• 更新了代码仓库结构文档，以匹配当前的 DSL2 结构。

[1.0.7] 2026-01-23

修复

• 修复了 step3 模块中 allc_file_path.txt 文件无法正确生成的错误。
• 更新了 sc_methy_workflow.sh 以支持每个样本包含多个数据集。

[1.0.6] 2025-12-30

变更

• 更新了 nextflow.config。
• 更新了 methy_only.nf。
• 更新了 main.nf。

[1.0.5] 2025-12-22

变更

• 更新了 Barcode 白名单。

[1.0.4] 2025-12-18

变更

• 更新了 C-T 转化率算法。

[1.0.3] 2025-12-09

修复

• 修复了 rna_methyl_report.html 和 rna_methy_summary.csv 中的指标显示问题。错误地将 Read Pair 数显示为 Read 数（该问题存在于 v1.0.1 和 v1.0.2）。

[1.0.2] 2025-12-02

新增

• 新增 project 参数，用于为每个流程标记项目特定信息。

修复

• 修复了仅包含反向 Reads 或仅包含正向 Reads 的细胞被错误过滤的问题。

[1.0.1] 2025-11-21

变更

• 在 nextflow.config 中将工作流版本从 1.0.0 更新为 1.0.1。
• 更新了 HTML 报告中的 MET 部分，将数值标记并报告为“Read Pairs”而非“Reads”。

新增

• 新增汇总 CSV 文件 (rna_methy_summary.csv)，包含与 HTML 报告相同的指标，并保存在同一输出目录中。

[1.0.0] 2025-10-31

新增

• SeekSoul™ Methyl Tools 流程的初始版本发布，用于单细胞转录组和甲基化双组学分析。