运行

作者: SeekGene

时长: 5 分钟

字数: 1.2k 字

更新: 2026-10-13

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SeekArc Tools

运行示例

示例 1：ARC 多组学分析

ARC 多组学分析同时输入 RNA 文库和 ATAC 文库 FASTQ 文件，用于完成 RNA 定量、ATAC Peak 鉴定、联合细胞鉴定、矩阵生成及报告输出。

seekarctools arc run \
    --rnafq1 /path/to/demo/demo_GE_S1_L001_R1_001.fastq.gz \
    --rnafq2 /path/to/demo/demo_GE_S1_L001_R2_001.fastq.gz \
    --atacfq1 /path/to/demo/demo_arc_S2_L002_R1_001.fastq.gz \
    --atacfq2 /path/to/demo/demo_arc_S2_L002_R2_001.fastq.gz \
    --samplename demo \
    --outdir /path/to/outdir \
    --refpath /path/to/reference/GRCh38 \
    --chemistry DD_AG \
    --include-introns \
    --core 16

示例 2：RNA 文库单独分析

RNA 文库单独分析用于仅包含 RNA/GEX 文库的数据。流程会完成 Barcode 处理、STAR 比对、UMI 定量、细胞鉴定、表达矩阵生成、Seurat RDS 生成和 GEX 质控统计输出。

seekarctools rna run \
    --rnafq1 /path/to/demo/demo_GE_S1_L001_R1_001.fastq.gz \
    --rnafq2 /path/to/demo/demo_GE_S1_L001_R2_001.fastq.gz \
    --samplename demo \
    --outdir /path/to/outdir \
    --refpath /path/to/reference/GRCh38 \
    --chemistry DD_AG_RNA \
    --include-introns \
    --core 16

示例 3：调整阈值以重新运行 Peak 鉴定或细胞鉴定

如果默认参数下鉴定出的 Peak 或细胞不符合要求，可以使用 arc retry 跳过前面的步骤（如比对），基于已有中间结果重新运行后续流程，从而在优化结果的同时节省时间。

seekarctools arc retry \
    --samplename demo \
    --outdir /path/to/outdir \
    --refpath /path/to/reference/GRCh38 \
    --core 16 \
    --qvalue 0.01 \
    --snapshift 0 \
    --extsize 200 \
    --min_len 200 \
    --min_atac_count 1000 \
    --min_gex_count 500

• 注意：确保之前运行产生的所有文件保持完整，且未被删除或移动。--outdir 参数需指定为最初运行 seekarctools arc run 时的输出目录路径。--min_atac_count 必须与 --min_gex_count 配合使用；单独使用将不会生效。该命令仅适用于 ARC 多组学分析；RNA 文库单独分析当前不提供 retry 命令。

参数说明

参数名	参数说明
--rnafq1	RNA 文库 R1 端 FASTQ 文件路径
--rnafq2	RNA 文库 R2 端 FASTQ 文件路径
--atacfq1	ATAC 文库 R1 端 FASTQ 文件路径
--atacfq2	ATAC 文库 R2 端 FASTQ 文件路径
--samplename	样本名称
--chemistry	试剂化学类型。ARC 多组学分析使用 DD_AG 或 DD5_AG；RNA 文库单独分析使用 DD_AG_RNA
--outdir	输出目录路径。默认值：./
--skip_misB	启用后，Barcode 不允许存在碱基错配；默认允许 1 个错配
--skip_misL	启用后，Linker 不允许存在碱基错配；默认允许 1 个错配
--skip_multi	启用后，丢弃可被校正到多个白名单 Barcode 的 reads；默认校正到频率最高的 Barcode
--skip_len	启用后，跳过接头过滤后的短序列过滤，保留短序列用于后续分析
--core	用于分析的线程数
--memory	RNA 文库单独分析中生成 Seurat RDS 使用的内存上限，单位为 GB。默认值：32
--include-introns	启用后，内含子 reads 也会被用于基因表达定量；默认仅使用外显子 reads
--refpath	参考基因组目录路径
--star_path	外部 STAR 软件路径。如果参考基因组索引由指定 STAR 版本构建，可指定该路径
--scoremin	STAR 宽松比对参数，对应 --outFilterScoreMinOverLread
--matchnmin	STAR 宽松比对参数，对应 --outFilterMatchNminOverLread
--pairendAlignment	RNA 文库单独分析中启用 STAR paired-end 比对；默认使用 R2 单端比对
--pairendMinR1Len	RNA paired-end 比对时保留 R1 的最小长度。默认值：20
--expect_cells	RNA 文库单独分析中预期回收细胞数。默认值：3000
--pvalue	RNA 细胞鉴定中 ambient RNA 检验的 p-value 阈值。默认值：0.01
--force_cells	RNA 文库单独分析中强制取 UMI 数最高的前 N 个 Barcode 作为细胞；默认值：0，表示自动识别
--rscript_path	RNA 文库单独分析使用的 Rscript 路径。默认值：Rscript
--qvalue	Peak 鉴定的最小 FDR（q-value）阈值。默认值：0.001
--nolambda	启用后，MACS3 使用背景 lambda 作为 local lambda，不考虑 Peak 候选区域的局部偏倚
--snapshift	MACS3 Peak 鉴定偏移量（shift size）。默认值：0
--extsize	MACS3 Peak 鉴定延伸大小（extension size）。默认值：400
--min_len	Peak 的最小长度。默认值：400
--broad	启用后，执行 broad peak 鉴定并生成 UCSC gappedPeak 格式结果
--broad_cutoff	Broad peak 鉴定阈值。默认值：0.1
--min_atac_count	细胞鉴定覆盖参数：定义细胞 Barcode 在 Peak 区域内最小的 ATAC 转座事件数（ATAC counts）
--min_gex_count	细胞鉴定覆盖参数：定义细胞 Barcode 最小的基因表达 UMI 数（GEX counts）
--keep_mito	启用后，保留线粒体 reads；默认过滤线粒体 reads
--strict_cell_calling	启用后，在 K-Means 细胞鉴定基础上增加 ambient RNA 背景检验，以获得更严格的细胞识别结果
--max_cells	限制自动识别细胞数上限；未设置时不限制
-h, --help	显示命令帮助信息