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作者: SeekGene

时长: 2 分钟

字数: 479 字

更新: 2026-10-13

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SeekArc Tools

ARC 多组学分析输出

以下为 ARC 多组学分析的主要输出目录结构。每一行代表一个文件或文件夹，后面的数字标记了重要输出文件。其中，demo 为示例样本名称。

./
├── outs
│   ├── filtered_feature_bc_matrix              1
│   │   ├── barcodes.tsv.gz
│   │   ├── features.tsv.gz
│   │   └── matrix.mtx.gz
│   ├── filtered_peaks_bc_matrix                2
│   │   ├── barcodes.tsv.gz
│   │   ├── features.tsv.gz
│   │   └── matrix.mtx.gz
│   ├── raw_feature_bc_matrix                   3
│   │   ├── barcodes.tsv.gz
│   │   ├── features.tsv.gz
│   │   └── matrix.mtx.gz
│   ├── raw_peaks_bc_matrix                     4
│   │   ├── barcodes.tsv.gz
│   │   ├── features.tsv.gz
│   │   └── matrix.mtx.gz
│   ├── demo_A_fragments.tsv.gz                 5
│   ├── demo_A_fragments.tsv.gz.tbi             6
│   ├── demo_A_mem_pe_Sort.bam                  7
│   ├── demo_A_peaks.bed                        8
│   ├── demo_E_SortedByName.bam                 9
│   ├── demo.rds                                10
│   ├── demo_report.html                        11
│   └── demo_summary.csv                        12
└── analysis

1. 转录组细胞过滤后稀疏矩阵。
2. ATAC 细胞过滤后稀疏矩阵。
3. 转录组原始稀疏矩阵。
4. ATAC 原始稀疏矩阵。
5. ATAC fragment 信息文件。
6. Fragment 文件索引。
7. ATAC 文库比对 BAM 文件。
8. ATAC Peak 文件。
9. RNA 文库比对 BAM 文件。
10. RDS 格式的 Seurat 对象及下游分析结果。
11. HTML 格式的分析报告。
12. CSV 格式的质量控制统计信息。

RNA 文库单独分析输出

以下为 RNA 文库单独分析的主要输出目录结构。其中，demo 为示例样本名称。

./
├── analysis
│   └── demo_E
│       ├── step1
│       │   ├── demo_E_1.fq.gz
│       │   └── demo_E_2.fq.gz
│       ├── step2
│       │   └── featureCounts
│       │       └── demo_E_SortedByName.bam     1
│       ├── step3
│       │   ├── raw_feature_bc_matrix           2
│       │   │   ├── barcodes.tsv.gz
│       │   │   ├── features.tsv.gz
│       │   │   └── matrix.mtx.gz
│       │   ├── filtered_feature_bc_matrix      3
│       │   │   ├── barcodes.tsv.gz
│       │   │   ├── features.tsv.gz
│       │   │   └── matrix.mtx.gz
│       │   ├── counts.xls
│       │   ├── detail.xls
│       │   └── umi.xls
│       └── step4
│           ├── demo.rds                        4
│           ├── gex_tsne_umi.xls                5
│           └── gex_FindAllMarkers.xls          6
└── outs
    └── demo_summary.csv                        7

1. RNA 文库比对 BAM 文件。
2. RNA 原始表达矩阵。
3. RNA 过滤后细胞表达矩阵。
4. RDS 格式的 Seurat 对象及下游分析结果。
5. 细胞降维坐标及 UMI、线粒体比例等信息。
6. 基于 Seurat 聚类结果的 Marker 基因表。
7. RNA/GEX 质量控制统计信息。