发布说明

作者: SeekGene

时长: 2 分钟

字数: 403 字

更新: 2026-10-13

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SeekArc™ Tools

v1.2.0

新增功能

• 新增 seekarctools rna 分析模块，支持 RNA 文库从原始 FASTQ 到表达矩阵、细胞识别、Seurat RDS 和 GEX 质控汇总的一体化分析，并支持可选的 STAR 双端比对模式。
• ARC 多组学分析新增严格细胞识别模式，可减少低质量条形码对细胞判定结果的影响。

功能优化

• 将自动识别细胞数的固定 20,000 上限调整为可通过 --max_cells 参数设置，并固定 K-Means 随机种子，提高分析灵活性和结果可重复性。
• 优化 GTF 文件解析，降低 Peak–Gene 关联分析的内存占用，并增强对非标准或复杂 GTF 文件的兼容性。

v1.1.0

功能更新

• 新增 --chemistry 参数，支持 RNA 文库 DD_AG、DD5_AG 及自定义解析配置；ATAC 文库使用 DD_AA 配置。

功能优化

• 优化联合细胞判定的 ATAC 背景阈值：将 Peak 上下游各扩展 2 kb 并合并重叠区间，按扩展区域占基因组的比例过滤背景条形码。
• 将自动识别细胞数上限设置为 20,000；超出上限时，优先保留距离背景簇中心更远的候选条形码。
• 将 Peak calling 默认参数 --qvalue 由 0.05 调整为 0.001。

v1.0.0

首次发布

• 发布稳定版本，支持 SeekOne DD 单细胞 ATAC + RNA 多组学数据的标准分析流程，包括 barcode 提取与纠错、序列比对与定量、联合细胞识别以及表达矩阵和 Peak 矩阵生成。