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作者: SeekGene

时长: 2 分钟

字数: 250 字

更新: 2026-10-13

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以下是输出目录结构：每一行代表一个文件或文件夹，用 "├──" 表示，数字表示重要的输出文件。

./
├── Outs
│   ├── demo_report.html                           1
│   ├── demo_summary.csv                           2
│   ├── demo_aligned_DAPI.png                      3
│   ├── demo_aligned_DAPI_TIMG.png                 4
│   ├── demo_aligned_HE.png (optional)             5
│   ├── demo_aligned_HE_TIMG.png (optional)        6
│   ├── demo_filtered_feature_bc_matrix            7
│   │   ├── barcode.tsv.gz
│   │   ├── feature.tsv.gz
│   │   ├── matrix.tsv.gz   
│   │   └── cell_location.tsv.gz                   8
│   ├── clustering
│   │   └── demo.rds                               9
│   └── clustering_scanpy
│       └── demo.h5ad                              10
└── Analysis
    ├── scRNA-seq_Analysis
    │   ├── step1
    │   ├── step2                                                
    │   │   ├── featureCounts                   
    │   │   │   └── demo_SortedByName.bam      
    │   │   └── STAR                            
    │   │   │   ├── demo_Log.final.out          
    │   │   │   └── demo_SortedByCoordinate.bam  
    │   │   └── step3
    │   │       ├── filtered_feature_bc_matrix          
    │   │       └── raw_feature_bc_matrix                
    ├── Spatial_Positioning
    │   ├── demo_valid_spatial_umis.csv.gz
    │   └── demo_spatial_umis_cleaned.csv.gz 
    └── Tissue_Detection  
        └── demo_bc_under_tissue.csv

1. 样本的 HTML 报告。
2. 样本的 CSV 格式质控信息。
3. 样本的 DAPI 染色高清图片。
4. 样本的 DAPI 染色略缩图。
5. 样本的 H&E 染色高清图片（可选）。
6. 样本的 H&E 染色略缩图（可选）。
7. 细胞稀疏矩阵。
8. 细胞空间坐标文件。
9. RDS 格式的样本结果。
10. h5ad 格式的样本结果。