下载与安装

作者: SeekGene

时长: 2 分钟

字数: 247 字

更新: 2026-02-26

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甲基化 + RNA 双组学 软件安装

克隆

克隆仓库

git clone https://github.com/seekgene/SeekSoulMethyl.git
cd SeekSoulMethyl

创建并激活环境

国内用户：

conda env create -n seeksoulmethyl -f conda_dependencies.zh.yml
conda activate seeksoulmethyl

海外用户：

conda env create -n seeksoulmethyl -f conda_dependencies.yml
conda activate seeksoulmethyl

安装

安装方法

cd dependence
pip install . \
  simpleqc/target/wheels/simpleqc-0.1.0-py3-none-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl \
  search-pattern/target/wheels/search_pattern-0.1.0-py3-none-manylinux_2_5_x86_64.manylinux1_x86_64.whl
cd ..

我们将下载 Bismark 和 ALLCools 的修改版本进行分析。

• Bismark 在 BAM 文件中添加了 CB（纠错后的条形码）标签和 UR（原始 UMI）标签。
• ALLCools 基于 UR 标签执行 UMI 去重和甲基化水平计算。

# 克隆并安装自定义 ALLCools
conda activate seeksoulmethyl
git clone https://github.com/seekgene/ALLCools.git && \
pip install ./ALLCools && \
rm -rf ./ALLCools

# 克隆并安装自定义 Bismark
git clone https://github.com/seekgene/Bismark.git && \
bin_path=$(dirname `which python`)
cp -r ./Bismark/* $bin_path/ && \
    chmod +x $bin_path/bismark* && \
    chmod +x $bin_path/deduplicate_bismark && \
    rm -rf ./Bismark