结果文件

作者: SeekGene

时长: 1 分钟

字数: 184 字

更新: 2026-02-26

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甲基化 + RNA 双组学 结果文件

结果文件（按输出目录结构）

• fastp/：FASTQ 质控报告 (html/json)
• ${sample}/${sample}_exp/：转录组分析目录，包含过滤后的矩阵、聚类、差异表达结果
• ${sample}/${sample}_methy/step1/：条形码解析和分片后的 FASTQ 文件
• ${sample}/${sample}_methy/step2/：Bismark BAM 文件和报告
• ${sample}/${sample}_methy/step3/：
  • split_bams/ 和 split_bams/merged/：单细胞 BAM 文件、合并 BAM 文件、Barcode 计数
  • allcools/ 和 allcools_generate_datasets/：每个细胞的 ALLCs 文件和 ${sample}.mcds
  • ${sample}_merge_allc.gz, *.CGN-Merge*
• ${sample}/${sample}_methy/step4/：聚类图和 *.h5ad 文件
• ${sample}/：
  • ${sample}_methy_summary.json, ${sample}_wgs_summary.csv
  • ${sample}_rna_methyl_report.html (如果运行主流程)
• Nextflow 运行结果 (由 -c nf/nextflow.config 配置)：execution_report.html, execution_timeline.html, pipeline_dag.html, execution_trace.txt (script/SeekSoulMethyl/nf/nextflow.config:17)