下载与安装

作者: SeekGene

时长: 3 分钟

字数: 720 字

更新: 2026-10-13

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甲基化 + RNA 双组学 下载

克隆代码仓库

git clone https://github.com/seekgene/SeekSoulMethyl.git
cd SeekSoulMethyl

创建 Conda 环境

国内用户：

conda env create -n seeksoulmethyl -f conda_dependencies.zh.yml
conda activate seeksoulmethyl

海外用户：

conda env create -n seeksoulmethyl -f conda_dependencies.yml
conda activate seeksoulmethyl

安装包

cd dependence
pip install . \
  simpleqc/target/wheels/simpleqc-0.1.0-py3-none-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl \
  search-pattern/target/wheels/search_pattern-0.1.0-py3-none-manylinux_2_5_x86_64.manylinux1_x86_64.whl
cd ..

安装修改过的依赖项

SeekSoul Methyl Tools 依赖于定制版本的 Bismark 和 ALLCools：

• Bismark：在 BAM 记录中添加 CB 和 UR 标签
• ALLCools：支持基于 UR 的 UMI 校正和甲基化定量

conda activate seeksoulmethyl

# 安装定制版 ALLCools
git clone https://github.com/seekgene/ALLCools.git
pip install ./ALLCools
rm -rf ./ALLCools

# 安装定制版 Bismark
git clone https://github.com/seekgene/Bismark.git
bin_path=$(dirname `which python`)
cp -r ./Bismark/* $bin_path/
chmod +x $bin_path/bismark*
chmod +x $bin_path/deduplicate_bismark
rm -rf ./Bismark

代码仓库结构

克隆后，关键的 Nextflow 入口文件和模块如下：

• nf/main.nf：顶层入口。通过 --workflow 选择子工作流（rna_met、methy_only、force_cell）。
• nf/subworkflows/：工作流定义：
  • rna_met/main.nf：转录组 + 甲基化端到端处理。
  • met_only/main.nf：仅甲基化工作流。
  • forcecell/main.nf：Force-cell 工作流（使用先前输出重新计算/更新结果）。
• nf/modules/：分步处理模块：
  • step1.nf 预处理、质控、barcode 提取、转录组分析。
  • step2.nf Bismark 比对和 BAM 排序。
  • step3.nf 按细胞拆分 BAM、ALLC 生成/合并、多尺度数据集。
  • step4.nf 汇总统计、降维、联合报告。
  • utils.nf 仅甲基化工作流的辅助工具（reads 计数和细胞估算）。
• nf/bin/：辅助脚本和资源文件（如 barcode 白名单）。
• nf/nextflow.config：执行器和资源配置。
• nf/nextflow_schema.json：流程参数 schema。
• sc_methy_workflow.sh：运行双组学分析流程的 Shell 脚本。

下载参考数据库

提供常见物种的预建参考数据库压缩包：

# 人类参考基因组 (GRCh38)
wget -c -O human-reference-GRCh38.tar.gz "https://seekgene-public.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/methy_demo/methy_exp/v1.1/human-reference-GRCh38.tar.gz"
wget -c -O human-reference-GRCh38.tar.gz.md5 "https://seekgene-public.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/methy_demo/methy_exp/v1.1/human-reference-GRCh38.tar.gz.md5"

# 小鼠参考基因组 (GRCm39)
wget -c -O mouse-reference-GRCm39.tar.gz "https://seekgene-public.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/methy_demo/methy_exp/v1.1/mouse-reference-GRCm39.tar.gz"
wget -c -O mouse-reference-GRCm39.tar.gz.md5 "https://seekgene-public.oss-cn-beijing.aliyuncs.com/methy_demo/methy_exp/v1.1/mouse-reference-GRCm39.tar.gz.md5"

# 解压缩包
tar -xzf human-reference-GRCh38.tar.gz
tar -xzf mouse-reference-GRCm39.tar.gz

如果您需要构建自定义参考数据库，请参阅：

• 参考基因组数据库指南
• 完整构建教程

下载测试数据

关于测试数据的下载，请参考 示例数据 文档。

演示资源

有关完整的演示数据集和可下载的结果包，请参阅补充文档：

• 细胞系演示数据集