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概览
本章节汇总常用的单细胞转录组适配小工具，旨在帮助研究者更方便地进行各项分析。
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SoupX 去除环境 RNA 污染
SoupX 是用于去除单细胞转录组数据中环境 RNA 污染（ambient RNA contamination）的分析模块。在液滴法单细胞测序中，部分细胞会在解离、建库过程中破裂，释放出游离 mRNA 悬浮在细胞悬液中并被所有液滴一起捕获，导致一些基因在几乎所有细胞里都出现假阳性高表达，干扰下游的细胞聚类、注释和差异分析。SoupX 利用空液滴（empty droplets）中的游离 RNA 信息，结合聚类结果，估算出每个细胞中混入的环境 RNA 比例，并对表达矩阵进行校正，得到更干净的计数矩阵，从而提高下游分析的准确性。
使用说明
Doublet.calculate 双胞判定
Doublet.calculate 是单细胞数据双胞（Doublet）鉴定与去除模块。基于液滴的平台因一个液滴包裹多个细胞会产生混合转录组，干扰下游分析。该模块支持 DoubletFinder（基于聚类结构，结果贴合数据）和 Scrublet（基于表达矩阵，速度快）两种算法，可自动模拟双胞并判定每个 barcode 为双胞/单胞，输出判定标签、UMAP 可视化图及过滤后的清洗数据。正常样本双胞率约 2%~6%，适用于 scRNA-seq/FFPE/SeekSpace 等转录组数据，过滤后数据可直接用于下游分析。
使用说明
SpeciesSplit 混合物种矩阵拆分
当多个物种的细胞在同一 GEM 中混合上机时，比对使用的参考基因组为混合基因组，经过标准分析后得到的表达矩阵中的基因名带有物种特异性前缀（如 GRCh38-GAPDH、Sus_scrofa-ALB）。SpeciesSplit 利用这一特征，自动检测物种前缀、判定每个细胞的物种归属，并拆分为独立的 Seurat 对象。
使用说明
mut_check 突变表达查询
scFAST 分析流程基于全序列数据进行单细胞转录组上游分析，包含数据比对、突变检测与注释、过滤及单细胞水平统计等步骤。标准分析流程对突变频率、突变类型、reads/UMI/barcode 支持数、链偏好性、人群频率等指标进行了严格过滤，部分关注突变可能因未满足过滤阈值而被丢弃。mut_check 模块基于已有比对结果，对关注区间进行定向查询，返回检测到的突变信息，便于后续联合分析。