如何构建参考基因组

作者: SeekGene

时长: 2 分钟

字数: 461 字

更新: 2026-01-26

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SeekSpace® Tools

场景一：构建兼容不同平台单细胞数据的参考基因组

NOTE

如果您既有 10X Genomics 单细胞数据，又有 SeekSpace® 产品的单细胞数据，推荐使用10X CellRanger来构建参考基因组，SeekSpace® Tools 可以兼容 CellRanger 构建的参考基因组。

处理基因注释文件（GTF 文件）的代码如下：

/path/to/cellranger mkgtf Homo_sapiens.GRCh38.ensembl.gtf Homo_sapiens.GRCh38.ensembl.filtered.gtf \
    --attribute=gene_biotype:protein_coding \
    --attribute=gene_biotype:lncRNA \
    --attribute=gene_biotype:antisense \
    --attribute=gene_biotype:IG_LV_gene \
    --attribute=gene_biotype:IG_V_gene \
    --attribute=gene_biotype:IG_V_pseudogene \
    --attribute=gene_biotype:IG_D_gene \
    --attribute=gene_biotype:IG_J_gene \
    --attribute=gene_biotype:IG_J_pseudogene \
    --attribute=gene_biotype:IG_C_gene \
    --attribute=gene_biotype:IG_C_pseudogene \
    --attribute=gene_biotype:TR_V_gene \
    --attribute=gene_biotype:TR_V_pseudogene \
    --attribute=gene_biotype:TR_D_gene \
    --attribute=gene_biotype:TR_J_gene \
    --attribute=gene_biotype:TR_J_pseudogene \
    --attribute=gene_biotype:TR_C_gene
cellranger mkref --genome=GRCh38 --fasta=GRCh38.fa --genes=GRCh38-filtered-ensembl.gtf
cd GRCh38/genes
gunzip -dc genes.gtf.gz > genes.gtf

IMPORTANT

• 当 Cell Ranger 构建的参考基因组与 SeekSpace® Tools 的 STAR 版本不兼容时，可以将 Cell Ranger 的 STAR 路径指定给 SeekSpace® Tools，例如：--star_path /path/to/cellranger-5.0.1/lib/bin/STAR。
• FASTA 文件中染色体名称必须与 GTF 文件中的染色体名称相匹配。例如，FASTA 的 1 号染色体名称为 chr1，那么 GTF 文件中 1 号染色体名称也必须为 chr1。

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场景二：仅有 SeekSpace® 产品，不需要考虑平台兼容性

构建 STAR 索引的代码如下：

/demo/seekspacetools_v1.0.0/bin/STAR \
  --runMode genomeGenerate \
  --runThreadN 16 \                        
  --genomeDir /path/to/star \             
  --genomeFastaFiles /path/to/genome.fa \  
  --sjdbGTFfile /path/to/genome.gtf \      
  --sjdbOverhang 149 \                     
  --limitGenomeGenerateRAM 17179869184

IMPORTANT

• FASTA 文件中染色体名称必须与 GTF 文件中的染色体名称相匹配。例如，FASTA 的 1 号染色体名称为 chr1，那么 GTF 文件中 1 号染色体名称也必须为 chr1。