3'单细胞转录组测序技术支持手册111
3'单细胞转录组测序技术支持手册（SeekOne DD3 产品原理、质控与解决方案）。
2025/7/4
寻因生物文档中心
时长: 37 分钟
字数: 8.3k 字
更新: 2025-11-23
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概述
本中心汇集了从实验准备、上机测序到数据分析的全流程标准化文档，旨在为您提供清晰、准确的操作指南和理论支持，确保您的研究项目高效、顺利地进行。
List
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SeekSoul Online
SeekSoulOnline云平台是寻因生物历时两年打造的一站式单细胞多组学数据挖掘和可视化线上工具，覆盖单细胞转录组、单细胞免疫组以及寻因的自研单细胞空间转录组产品标准分析和高级分析等全套流程。分析结果与代码执行分析结果高度一致，为用户提供疾病机制探索、生物靶标挖掘、基础科学研究的多领域全方位深层次数据分析解决方案。
2025/8/28
SeekOne® 数字液滴仪111
SeekOne数字液滴仪（SeekOneDigital Droplet System； SeekOneDD）是由北京寻因生物科技有限公司自主研发的一键式完成单细胞分离、捕获及标记的自动化仪器，该仪器搭配寻因生物自主研发的高通量单细胞试剂盒进行使用，同时配备单细胞数据分析软件SeekSoulTools进行数据分析。
2025/8/28
SeekOne® 微流体控制系统
SeekOne® 微流体控制系统（SeekOne® Microfluidic Control System，简称 SeekOne® MFCS）是一款集成了高性能压力驱动与先进软件控制的尖端科研仪器。它专为满足现代微流控实验对高精度、高稳定性、高重复性及便捷操作的苛刻要求而设计，是生命科学、化学合成、材料制备及药物研发等领域进行创新研究的理想平台。
2025/8/28
常见问题解答
覆盖单细胞样本制备、运输、质控、文库构建与下游分析常见问题与建议的综合指南。
2025/8/28
血红蛋白基因表达污染处理建议
介绍血红蛋白基因污染来源、影响与多种处理方案（过滤、去基因重聚类等），并给出 R 代码示例。
2025/7/25
FFPE样本数据处理案例与优化建议
针对 FFPE 样本背景 RNA、双细胞与质控问题，提供背景去除（SoupX）、双细胞过滤与参数优化流程。
2025/7/25
添加的外源 GFP 基因未检出
定位 GFP 在 featureCounts 未定量的原因（GTF 注释缺失 gene/transcript 行）并给出修复 GTF 的示例命令。
2025/7/25
非人鼠物种大染色体基因组拆分说明
说明 samtools 对超大染色体索引的兼容问题，并提供拆分脚本与使用说明以便后续比对与索引。
2025/8/7
寻因产品表面蛋白 Antibody 与 CRISPR 质控分析说明
介绍将 DD 平台数据转为 10x 格式并使用 Cell Ranger 分析 Antibody/CRISPR 数据的流程与注意事项。
2025/8/7
寻因 ATAC-多组学 产品使用 Cell Ranger 分析方法说明
涵盖将 DD ATAC/GE 数据转换为 10x ARC 支持格式、fastp 质控、barcode 转换与 Cell Ranger ARC 运行示例。
2025/8/7
Barcode-Converter
条形码转换工具使用说明，示例命令与参数解释，适用于将 DD barcode 转换为 10x barcode。
2025/8/7
scRNA_seq和scATAC_seq整合分析
使用Seurat和Signac整合scRNA-seq与scATAC-seq多模态数据
2025/8/7
SeekSoulTools-1.3.0 VDJ 特殊物种 ref 准备
针对 SEEKSOULTOOLS v1.3.0 与 TRUST4 的 ref 准备流程，包含从 IMGT 提取物种序列与格式化脚本示例。
2025/8/7
混合物种单细胞RNA-seq分析方法说明
针对混合物种数据分析原理、结果解读和一些常见问题的说明
2025/11/21
单细胞ATAC_RNA多组学数据的质控
scRNA-seq与scATAC-seq双组学数据的质控目的、质控标准、关键质控指标的含义
2025-08-07
单细胞ATAC_RNA多组学数据的降维与聚类
scRNA-seq与scATAC-seq双组学数据的降维聚类的策略，基于RNA数据的降维聚类、基于ATAC数据的降维聚类、联合RNA和ATAC进行的联合降维聚类
2025-08-07
单细胞ATAC_RNA多组学数据的细胞注释
scRNA-seq与scATAC-seq双组学数据的细胞注释方法和策略，通过同时考虑基因表达（RNA）和染色质可及性（ATAC）两种信息源，提高细胞注释的准确性
2025-08-07
单细胞ATAC_RNA多组学数据的差异peak分析
基于scATAC-seq数据，通过差异可及性分析识别各细胞群/状态的特异性开放区域，进而利用motif富集分析鉴定其核心调控转录因子，并对相关peak进行基因注释与功能富集，以揭示潜在的细胞特异性调控机制
2025-08-07
单细胞ATAC_RNA多组学数据的Motif分析
Motif 分析是单细胞ATAC+RNA多组学数据解析转录因子调控网络的关键步骤。通过识别染色质开放区域（peak）中富集的转录因子结合位点（motif），可以推断哪些转录因子可能参与调控特定细胞类型或状态
2025-08-07
单细胞ATAC_RNA多组学数据的GeneActivity分析
在单细胞ATAC-seq数据分析中，基因活力分析是一种通过评估染色质可及性来量化基因活力的重要方法。基因活力分析统计了每个基因区域（包括基因体和上游2kb调控区域）内的ATAC-seq信号强度，这些信号反映了DNA的开放程度，从而预示着基因的潜在转录活性。
2025-08-07
单细胞ATAC_RNA多组学数据的Peak2Gene分析
Peak2Gene（Peak-Gene linking）分析是一种专为单细胞多组学（ATAC+RNA）数据设计的方法。其核心目标是识别基因表达与其附近染色质可及性峰（peaks）之间的显著调控关系。该方法通过统计每个细胞中基因表达量与其附近 peaks 的 ATAC 信号强度间的相关性，并利用广义线性模型校正 GC 含量、peak 长度、距离等技术偏置，从而推断哪个 peak 可能参与调控哪些基因。
2025-08-07
让我们一起探索生命科学的无限可能！
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